Công văn số 2729 ngày 03/07/2009 của TCT, các Hiệp định này bắt đầu được áp dụng từ ngày 01/01/2010.
Theo Công văn số 2742 ngày 03/07/2009 của TCT, một trong những căn cứ để cơ quan quản lý thuế ấn định thuế là hồ sơ khai thuế, số thuế đã nộp của các kỳ, lần khai thuế trước. Vì vậy, do doanh nghiệp có cơ sở hạch toán phụ thuộc đã kê khai thuế tại trụ sở chính nên cơ quan thuế địa phương nơi có cơ sở hạch toán phụ thuộc sẽ không được ấn định thuế TNDN của cơ sở này.
Theo Công văn số 2715 ngày 03/07/2009 của TCT, trường hợp Ban quản lý dự án sử dụng vốn ODA không có đăng ký kinh doanh nhưng sử dụng con dấu của chủ đầu tư, có tài khoản tại ngân hàng và việc lưu giữ sổ sách, chứng từ kế toán có đủ căn cứ để xác định được số thuế GTGT đầu vào được hoàn thì Ban quản lý dự án thuộc đối tượng được xét hoàn thuế GTGT.
BTC đã ban hành Thông tư số 138 ngày 03/07/2009 điều chỉnh mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đối với mặt hàng thiết bị điện (85.04, 85.35 và 85.36). Nhìn chung, thuế nhập khẩu đối với phần lớn các mặt hàng này được điều chỉnh theo hướng giảm hơn so với trước đây.
Theo Công văn số 2717 ngày 03/07/2009 của TCT, đối với lao động thời vụ làm việc theo hợp đồng lao động có thời hạn từ trên 03 tháng đến dưới 12 tháng, doanh nghiệp không được khấu trừ thuế TNCN theo tỷ lệ 10% cho từng lần chi trả thu nhập hoặc tổng thu nhập mà phải tạm khấu trừ thuế theo Biểu lũy tiến từng phần tính trên thu nhập tháng.
Theo Thông tư số 135 ngày 02/07/2009 của BTC, mặt hàng Oxadiazon (min 94%) thuộc nhóm 29.34, mã số chi tiết là 2934.99.90.10, có thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi là 0%.
Theo Công văn số 2707 ngày 02/07/2009 của TCT, dự án được lập trước ngày Nghị định 142 ngày 14/11/2005 của Chính phủ có hiệu lực (ngày 10/12/2005) nhưng sau ngày 10/12/2005 mới làm thủ tục xin miễn, giảm tiền thuê đất thì áp dụng quy định về miễn, giảm và các quy định khác tại Nghị định 142 để xét hưởng ưu đãi tiền thuê đất cho thời gian còn lại.
Quốc hội quyết định miễn toàn bộ số thuế TNCN từ tháng 01/2009 đến hết tháng 6/2009 đã được giãn nộp trước đây. Ngoài ra, riêng thu nhập từ đầu tư vốn, chuyển nhượng vốn, từ bản quyền, nhượng quyền thương mại sẽ tiếp tục được miễn thuế TNCN từ ngày 01/7/2009 đến hết năm 2009
Thông thường, các hợp đồng xây lắp được ký trước ngày 01/01/2004 áp dụng mức thuế suất là 5%. Tuy nhiên, theo Công văn số 2651 của TCT ngày 01/07/2009, trong trường hợp chưa triển khai xây dựng, lắp đặt hoặc không có khối lượng xây lắp dở dang tính đến này 01/01/2004, các hợp đồng nói trên sẽ bị áp dụngthuế suất thuế GTGT là 10%.
Thông thường, các bộ phận của mạng máy tính (thiết bị định tuyến, bộ chuyển mạch, bộ phận cầu nối và kết nối máy in) có thuế suất thuế GTGT 10%. Tuy nhiên, theo Công văn số 2641 ngày 01/07/2009 của TCT, các mặt hàng này sẽ được áp dụng giảm 50% mức thuế suất GTGT phải nộp đến hết ngày 31/12/2009.
