Thông thường, trong trường hợp C/O cấp ban đầu bị lỗi, cơ quan có thẩm quyền cấp C/O có thể cấp C/O mới thay thế cho C/O có lỗi. Để C/O mới được chấp nhận, số tham chiếu của C/O cũ phải được đề cập trong C/O cấp mới với dòng chữ “Replacing CO ref... (số tham chiếu ban đầu)” hoặc thể hiện trên bảng ghi chú đính kèm C/O do cơ quan cấp C/O của nước xuất khẩu xác nhận C/O mới cấp thay thế C/O cũ. Tuy nhiên, theo công văn số 3773 của TCHQ ngày 26/06/2009, C/O cấp mới không thể hiện số tham chiếu của C/O cũ sẽ được chấp nhận nếu đã có thư xác nhận từ cơ quan cấp C/O về tính hợp lệ của C/O này.
Theo Công văn số 3747 ngày 26/06/2009 của TCHQ, cá nhân nhập cảnh vào Việt Nam mang theo hàng hoá phục vụ sản xuất kinh doanh nhưng không khai báo trên tờ khai hải quan sẽ không được chuyển tiền thanh toán qua ngân hàng.
Theo Công văn số 1692 ngày 26/06/2009 của Cục Hải quan Đồng Nai, hiện nay, mặt hàng “Chất ma sát dạng hạt” chưa bị điều chỉnh phải nộp C/O.
Kể từ ngày 22/06/2009, DNCX không phải làm thủ tục đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu tạo tài sản cố định mà chỉ thực hiện báo cáo, kiểm tra, quyết toán theo hướng dẫn tại Điều 103 Thông tư số 79 ngày 20/04/2009 của BTC.
Khoản chênh lệch do đánh giá lại tài sản cố định để điều chuyển tài sản khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp được hạch toán vào thu nhập khác khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.
Việc xác định phương pháp nộp thuế, số thuế phải nộp và quyết toán thuế của các hợp đồng nhà thầu nước ngoài đã ký trước ngày Thông tư số 05 ngày 11/01/2005 của BTC có hiệu lực tiếp tục thực hiện theo hướng dẫn..
Máy móc, thiết bị theo Hợp đồng thầu đã ký trước ngày 01/01/2009 nhưng từ ngày 01/01/2009 mới thực hiện nhập khẩu mà không thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT..
Khoản thu nhập người lao động được trợ cấp thêm vượt mức nêu trên sẽ không được miễn thuế.
Hồ sơ đối với hàng xuất khẩu, lưu ảnh hàng hoá nhập khẩu, thủ tục nhập khẩu hàng hoá tạo tài sản cố định của DNCX, hàng hoá nhập khẩu đưa vào kho ngoại quan trong KCN, hàng nhập trên vận đơn ghi cảng đích là ICD, hàng hoá nhập khẩu không đáp ứng yêu cầu niêm phong hải quan...
Hải quan sẽ in và cấp phát miễn phí đối với các tờ khai hàng hoá XNK phi mậu dịch và tờ khai hàng quá cảnh. Đối với các loại tờ khai hải quan khác, doanh nghiệp có thể tự in ấn theo mẫu hoặc đăng ký với Công ty in Nam Hải thuộc TCHQ để mua tờ khai in sẵn.
