Theo Công văn số 2060 ngày 20/08/2009 của CHQ Đồng Nai, doanh nghiệp đưa hàng xuất khẩu vào kho CFS có thể bị phạt vi phạm hành chính trong trường hợp thiếu tờ khai xuất khẩu trong thời hạn nộp hồ sơ thanh khoản do tờ khai này bị chậm xác nhận thực xuất.
Để xác định tàu bay, du thuyền nhập khẩu sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch thuộc đối tượng không chịu thuế TTĐB, doanh nghiệp phải nộp cho Hải quan các tài liệu..
Khi khai báo định mức đối với bao bì phụ như pallet, bao nilon... để đóng gói sản phẩm xuất khẩu, doanh nghiệp không cần tạo tên sản phẩm mới. Bao bì phụ để đóng gói sản phẩm nào thì trên bảng định mức của sản phẩm đó khai báo thêm định mức bao bì phụ.
Doanh nghiệp có tiền thuế nhập khẩu nộp thừa sẽ được bù trừ vào số tiền thuế còn nợ hoặc số tiền thuế phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được trả lại mà không phụ thuộc vào thời gian của niên độ kế toán năm nay hay năm trước.
Doanh nghiệp nhập khẩu thiết bị đã qua sử dụng không thuộc danh mục hàng cấm nhập khẩu, nhập khẩu có điều kiện sẽ không phải đáp ứng yêu cầu chung về kỹ thuật và không phải giám định chất lượng còn lại của thiết bị nhập khẩu.
Theo Công văn số 3353 ngày 17/08/2009 của TCT, doanh nghiệp được phép thăm dò, khai thác khoáng sản sẽ không phải nộp tiền thuê đất nếu việc thăm dò, khai thác khoáng sản không làm ảnh hưởng đến lớp đất mặt.
Theo Thông tư số 165 ngày 17/08/2009 của BTC, người Việt Nam qua lại cửa khẩu biên giới trên đất liền với Trung Quốc, Lào, Campuchia sẽ không phải nộp lệ phí qua lại biên giới từ ngày 1/10/2009.
Doanh nghiệp Việt Nam xuất khẩu hàng hóa qua đường biên giới cho doanh nghiệp nước ngoài đã có xác nhận thực xuất của Hải quan nhưng thực hiện thanh toán bằng tiền mặt sẽ không phải tính thuế GTGT đầu ra và cũng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Việt Nam và Mỹ chưa ký kết Hiệp định tránh đánh thuế hai lần. Do đó, doanh nghiệp Mỹ không có cơ sở để xin hoàn thuế TNDN cho thu nhập phát sinh từ hoạt động đầu tư tài chính như doanh nghiệp của các nước đã ký kết Hiệp định tránh đánh thuế hai lần với Việt Nam
Trường hợp quá hạn làm thủ tục hải quan, doanh nghiệp xuất khẩu sẽ bị xử phạt hành chính về hải quan nhưng không được hủy tờ khai và được tiếp tục thực hiện thủ tục hải quan.
