Hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ không bắt buộc phải gửi kho ngoại quan. Thủ tục hải quan đối với trường hợp này đã được quy định rõ. Đáng chú ý là, căn cứ để xác định thủ tục này là các bên liên quan có 2 hợp đồng riêng biệt.
Khi chưa góp đủ số vốn điều lệ theo đăng ký kinh doanh, doanh nghiệp sẽ không được tính vào chi phí hợp lý đối với phần chi trả tiền lãi trong trường hợp chậm thanh toán nợ tương ứng với phần vốn điều lệ đã đăng ký còn thiếu theo tiến độ tại điều lệ.
Hàng hóa đưa từ thị trường trong nước vào khu chế xuất phải chịu thuế xuất khẩu và ngược lại từ khu chế xuất vào nội địa thì phải chịu thuế nhập khẩu.
Phế phẩm nằm trong định mức tiêu hao đã được thỏa thuận tại hợp đồng gia công và được đăng ký với cơ quan hải quan sẽ không phải chịu thuế nhập khẩu khi tiêu hủy.
Khi sáp nhập các chi nhánh, bên sáp nhập phải cấp chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân cho người lao động để họ tự quyết toán thuế.
Tổng cục Thuế đã thừa nhận tại Công văn số 2801/TCT-KK ngày 29/07/2010 quyền khiếu nại của nhà thầu nước ngoài khi cơ quan thuế thường xuyên thực hiện hoàn thuế trễ.
Trường hợp doanh nghiệp không xuất trình được bản chính tờ khai hải quan xuất khẩu có xác nhận thực xuất của cơ quan hải quan khi nộp hồ sơ thanh khoản thì sẽ không được thanh khoản, hoàn thuế nhập khẩu.
Chậm nhất là sáu mươi ngày kể từ ngày nộp đủ hồ sơ hoàn thuế, doanh nghiệp sẽ được cơ quan thuế ra quyết định hoàn thuế hoặc thông báo lý do không hoàn thuế.
Trường hợp doanh nghiệp áp dụng mức khoán công tác phí theo Thông tư số 91 ngày 18/10/2005 thì tiền công tác phí theo định mức này sẽ không phải chịu thuế thu nhập cá nhân mà không cần có hóa đơn, chứng từ.
Nơi nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với người lao động ký hợp đồng lao động dưới 3 tháng có thể là nơi đăng ký tạm trú.