Công văn số 3869 ngày 21/09/2009 của TCT, việc chuyển giao tài sản được hình thành từ dự án giữa các doanh nghiệp sẽ phải nộp thuế GTGT nếu không nhằm mục đích góp vốn hoặc thuộc trường hợp chia, tách doanh nghiệp.
Công văn số 5615 ngày 21/9/2009 của TCHQ, sự khác biệt giữa giá FOB trên C/O với giá FOB trên hóa đơn thương mại trong trường hợp mua bán thông qua bên thứ ba không phải là căn cứ để bị từ chối C/O.
Công văn số 3828 ngày 21/09/2009 của TCT, trong giai đoạn 01/01/1999 – 15/02/2005, nhà thầu nước ngoài thực hiện hợp đồng cung ứng máy móc thiết bị nhập khẩu cho các công trình, dự án tại Việt Nam sẽ không phải nộp thuế TNDN đối với phần giá trị máy móc, thiết bị nhập khẩu nếu tách riêng được giá trị máy móc, thiết bị nhập khẩu và giá trị dịch vụ trong hợp đồng. Ngược lại, nhà thầu phải nộp thuế TNDN
Công văn số 5612 ngày 21/9/2009 của TCT, mặt hàng nguyên liệu Hương Gà, Hương Thịt (HS 2106.90.99.20) có thuế suất thuế nhập khẩu là 15% theo Quyết định số 106 ngày 20/12/2007 và 10% theo Quyết định số 123 ngày 26/12/2008 của BTC.
BTC hiện đang rà soát và dự kiến ban hành Biểu thuế xuất khẩu, Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi mới có hiệu lực từ ngày 01/01/2010
Công văn số 5169 ngày 21/09/2009 của TCHQ, doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu nhưng không đăng ký định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư nhập khẩu trước khi xuất khẩu sẽ không được hoàn thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.
Công văn số 5621 ngày 21/09/2009 của TCHQ, nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu nhưng sau lại tái xuất sẽ bị tính lại thời hạn nộp thuế nhập khẩu (không phân biệt đối tượng nhận hàng tái xuất). Ngoài ra, doanh nghiệp đã nhập khẩu hàng sẽ phải kê khai nộp thuế GTGT. Thời hạn nộp thuế GTGT và phạt chậm nộp thuế GTGT sẽ thực hiện theo thời hạn nộp thuế nhập khẩu.
Công văn số 3806 ngày 18/09/2009 của TCT, hoạt động gia công hàng nông thủy sản được áp dụng thuế suất thuế GTGT như sau: (i) 5% đối với hoạt động sơ chế cho cơ sở chế biến khác; (ii) 10% đối với hoạt động gia công thành sản phẩm. Các sản phẩm chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của cơ sở tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu không phải chịu thuế GTGT.
Công văn số 3817 ngày 18/09/2009 của TCT, khi hoàn trả lại quyền thuê đất do bên thuê giải thể trước khi hết thời hạn của hợp đồng thuê đất và bên bán đã lập hóa đơn thu tiền cho toàn bộ thời gian thuê, hai bên phải lập biên bản hoặc thỏa thuận bằng văn bản ghi nhận việc hoàn trả lại quyền thuê đất theo giá không có thuế GTGT, tiền thuế GTGT theo hóa đơn bán hàng và lý do trả lại...
Công văn số 3793 ngày 17/09/2009 của TCT, từ ngày 01/01/2009, doanh nghiệp được tính giá trị hàng hóa tổn thất do thiên tai dịch bệnh và trường hợp bất khả kháng khác không được bồi thường vào chi phí hợp lý.