Theo quy định tại Điều 128, Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20 tháng 4 năm 2009 của Bộ tài chính, thẩm quyền quyết định thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế
Chi Cục trưởng Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan quyết định việc thanh khoản hoàn thuế, không thu thuế cho người nộp thuế theo quy định tại Điều 127 Thông tư này; trừ trường hợp hoàn thuế từ ngân sách, hoàn thuế đối với trường hợp xuất khẩu hàng hoá nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam, hoặc nhập khẩu hàng hoá nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan làm thủ tục hải quan tại các địa điểm khác địa điểm làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu ban đầu, thẩm quyền quyết định hoàn thuế là Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố.