Theo quy định tại Điều 124 Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20 tháng 4 năm 2009 của Bộ tài chính, Thủ tục nộp, tiếp nhận và xử lý hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế
1. Việc nộp, tiếp nhận hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế.
2. Hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế được phân loại thành hai loại: hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau và hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau.
3. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau là hồ sơ của người nộp thuế thuộc một trong các trường hợp:
a) Yêu cầu hoàn thuế, không thu thuế theo quy định của Điều ước quốc tế mà Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên;
b) Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế, không thu thuế lần đầu tại Chi cục Hải quan nơi đề nghị hoàn thuế, không thu thuế;
c) Người nộp thuế đã có hành vi trốn thuế, gian lận về thuế trong thời hạn hai năm từ thời điểm đề nghị hoàn thuế trở về trước;
d) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế, không thu thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định;
Chứng từ thanh toán qua ngân hàng thực hiện theo hướng dẫn tại Phụ lục I kèm theo Thông tư này.
e) Doanh nghiệp đang trong thời gian làm thủ tục sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước;
g) Hết thời hạn theo thông báo của cơ quan hải quan nhưng người nộp thuế không giải trình thông tin, tài liệu hoặc không bổ sung hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo yêu cầu;
h) Hàng hóa đã kê khai, nộp thuế theo mức thuế suất thuế nhập khẩu thông thường hoặc ưu đãi đề nghị được tính lại theo mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi hoặc ưu đãi đặc biệt và được hoàn lại số tiền thuế chênh lệch; hàng hoá nhập khẩu là ô tô, linh kiện và phụ tùng ôtô; xe mô tô (xe máy), linh kiện và phụ tùng xe môtô (xe máy); xăng dầu, sắt thép; hàng hoá nhập khẩu thuộc đối tượng nêu tại Điều 8, Điều 10 Nghị định 12/2006/NĐ-CP; hàng hóa nhập khẩu khác thuộc diện nhà nước quản lý theo quy định của pháp luật;
i) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu đối với hàng hoá xuất khẩu nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam hoặc hàng hoá nhập khẩu nhưng phải tái xuất khẩu trả lại hoặc xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan làm thủ tục hải quan tại các địa điểm khác địa điểm làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu ban đầu.
4. Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau là hồ sơ của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau được nêu tại khoản 3 Điều này.
5. Đối với hồ sơ thuộc diện thanh khoản, kiểm tra trước; hoàn thuế, không thu thuế sau, cơ quan hải quan thực hiện các công việc:
a) Kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp lệ của hồ sơ;
b) Kiểm tra chứng từ, sổ sách kế toán, phiếu nhập xuất kho, chứng từ thanh toán tiền hàng; việc hạch toán kế toán tại đơn vị; định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư; kiểm tra thực tế hoạt động sản xuất, kinh doanh của đơn vị;
c) Kiểm tra xác minh đối chiếu các giao dịch kinh doanh với các tổ chức, cá nhân khác có liên quan trong trường hợp qua kiểm tra phát hiện vụ việc có tính chất phức tạp, cần tiến hành kiểm tra thêm;
d) Trường hợp qua kiểm tra, xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế, không thu thuế thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết lý do không thanh khoản hoàn thuế, không thu thuế;
e) Trường hợp qua kiểm tra xác định thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế theo kê khai của người nộp thuế chậm nhất trong thời hạn sáu mươi ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế.
6. Đối với hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế trước; thanh khoản, kiểm tra sau, cơ quan hải quan kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp pháp của hồ sơ và xử lý như sau:
a) Nếu thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì thực hiện thanh khoản và ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế theo kê khai của người nộp thuế trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế;
b) Trường hợp xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế, không thu thuế; căn cứ văn bản pháp luật quy định, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết lý do không hoàn thuế, không thu thuế trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế;
c) Trường hợp có cơ sở xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác hoặc chưa đủ căn cứ để hoàn thuế thì thông báo cho người nộp thuế biết về việc chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước; thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế sau trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế;
d) Trường hợp phải nộp chứng từ thanh toán qua ngân hàng, nhưng khi nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế người nộp thuế chưa xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng:
d.1) Cơ quan hải quan có trách nhiệm phối hợp với cơ quan thuế nơi quản lý người nộp thuế thực hiện kiểm tra sổ sách, chứng từ kế toán, phiếu nhập/xuất kho, thẻ kho; trường hợp cần thiết thì thực hiện kiểm tra, xác minh, đối chiếu thêm các giao dịch kinh doanh của người nộp thuế với các tổ chức, cá nhân có liên quan.
d.2) Việc kiểm tra phải thực hiện xong trong thời hạn tối đa không quá mười lăm ngày kể từ ngày nhận hồ sơ. Kết quả kiểm tra xác định hàng hoá đã thực tái xuất khẩu, mọi chứng từ liên quan phù hợp thì xử lý thanh khoản, hoàn thuế cho doanh nghiệp.
d.3) Việc áp dụng thời hạn nộp thuế và các biện pháp cưỡng chế thuế đối với các trường hợp đã nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế cho cơ quan hải quan nhưng còn thiếu chứng từ thanh toán qua ngân hàng được thực hiện như sau:
- Trong thời hạn có hiệu lực của Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP ngày 11 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ về những giải pháp cấp bách nhằm ngăn chặn suy giảm kinh tế, duy trì tăng trưởng kinh tế, bảo đảm an sinh xã hội thì thực hiện theo Phụ lục III kèm theo Thông tư này;
- Khi Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP ngày 11 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ về những giải pháp cấp bách nhằm ngăn chặn suy giảm kinh tế, duy trì tăng trưởng kinh tế, bảo đảm an sinh xã hội hết hiệu lực thi hành thì thực hiện theo quy định tại Điều 42, Điều 93 Luật Quản lý thuế, Nghị định số 97/2007 NĐ-CP và hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư này.
7. Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế; cơ quan hải quan kiểm tra chi tiết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế; nếu xác định không đủ điều kiện thì thu hồi lại quyết định hoàn thuế, không thu thuế và thực hiện ấn định thuế, xử phạt theo quy định. Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền phạt thì ban hành quyết định hoàn thuế và lệnh thu Ngân sách.
8. Quá thời hạn nêu trên, nếu việc chậm ra quyết định hoàn thuế, không thu thuế do lỗi của cơ quan hải quan thì ngoài số tiền thuế phải hoàn, cơ quan hải quan còn phải trả tiền lãi tính từ ngày cơ quan hải quan phải ra quyết định hoàn thuế đến ngày cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế.