Theo quy định tại điều 107 Thông tư 79/2009/TT-BTC ngày 20 tháng 4 năm 2009 của Bộ tài chính Thẩm quyền xét miễn thuế được quy định như sau:
1. Bộ Tài chính thực hiện xét miễn thuế đối với các trường hợp:
a) Hàng hoá là quà biếu, quà tặng cho cơ quan hành chính sự nghiệp, cơ quan đoàn thể xã hội có trị giá vượt quá định mức miễn thuế;
b) Hàng hoá là quà biếu, quà tặng mang mục đích nhân đạo từ thiện, nghiên cứu khoa học.
2. Tổng cục Hải quan thực hiện xét miễn thuế đối với các trường hợp:
a) Hàng hoá nhập khẩu phục vụ mục đích an ninh, quốc phòng, nghiên cứu khoa học, giáo dục đào tạo;
b) Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo điều ước quốc tế.
3. Chi Cục Hải quan xử lý miễn thuế đối với hàng hoá có giá trị không vượt quá một triệu đồng đối với cá nhân hoặc trị giá hàng hoá vượt quá một triệu đồng nhưng tổng số tiền thuế phải nộp dưới năm mười nghìn đồng qui định tại các điểm b.2, b.5, b.6 khoản 4 Điều 104 Thông tư này.
4. Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực tiếp thực hiện xét miễn thuế đối với các trường hợp còn lại.