Theo quy định tại điều 106 Thông tư 79/2009/TT-BTC ngày 20 tháng 4 năm 2009 của Bộ tài chính Thủ tục, trình tự xét miễn thuế được quy định như sau:
1. Nộp và tiếp nhận hồ sơ xét miễn thuế
a) Người nộp thuế tự xác định số tiền thuế được xét miễn đối với các trường hợp thuộc đối tượng xét miễn thuế; nộp hồ sơ cho cơ quan hải quan nơi có thẩm quyền xét miễn thuế. Trường hợp thẩm quyền xét miễn thuế là Bộ Tài chính, người nộp thuế xác định số tiền thuế được xét miễn và nộp hồ sơ đề nghị xét miễn thuế cho Tổng cục Hải quan.
b) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan hải quan, công chức hải quan tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận số lượng tài liệu trong hồ sơ.
c) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp bằng đường bưu chính, công chức hải quan đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan hải quan.
d) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp bằng giao dịch điện tử thì việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ xét miễn thuế do cơ quan hải quan thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
2. Cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ xét miễn thuế do người nộp thuế khai và xử lý như sau:
a) Nếu hồ sơ chưa đầy đủ thì thông báo cho người nộp thuế trong thời hạn ba ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ để hoàn chỉnh hồ sơ;
b) Ban hành quyết định miễn thuế theo quy định hoặc thông báo cho người nộp thuế biết lý do không thuộc đối tượng xét miễn thuế, số tiền thuế phải nộp trong thời hạn ba mươi ngày, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ và xử phạt theo quy định hiện hành (nếu có); trường hợp cần kiểm tra thực tế để có đủ căn cứ giải quyết hồ sơ thì thời hạn này có thể kéo dài tối đa là sáu mươi ngày, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.
3. Trên cơ sở quyết định miễn thuế, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan thanh khoản số tiền thuế được xét miễn, ghi rõ trên tờ khai hải quan gốc lưu tại đơn vị và tờ khai hải quan gốc do người nộp thuế lưu: "Hàng hoá được xét miễn thuế theo Quyết định số... ngày... tháng... năm... của...".