Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT), có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2014 quy định về ngưỡng đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng và phương pháp tính thuế cụ thể như sau:
1. Ngưỡng đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ
Luật thuế GTGT hiện hành quy định 2 phương pháp tính thuế GTGT gồm phương pháp khấu trừ thuế (tại Điều 10) và phương pháp tính trực tiếp trên GTGT (tại Điều 11).
Luật thuế GTGT hiện hành chưa có quy định về ngưỡng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, thực tế số liệu thống kê cho thấy khoảng 180.000 doanh nghiệp có quy mô nhỏ và rất nhỏ đang kê khai và nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, doanh thu chưa tới 1 tỷ đồng/năm, số thu thuế GTGT chiếm khoảng 0,3% tổng thu về thuế GTGT. Đối với hầu hết doanh nghiệp này thuộc loại nhỏ, rất nhỏ, công tác kế toán chưa bảo đảm tuân thủ pháp luật về kế toán, nhiều doanh nghiệp thiếu ý thức tuân thủ quy định của pháp luật về kê khai, nộp thuế GTGT. Một số ít lợi dụng để mua bán hoá đơn, vừa ảnh hưởng tiêu cực đến môi trường kinh doanh, vừa gây thất thu ngân sách nhà nước.
Theo thông lệ quốc tế, đa số các nước đều có quy định ngưỡng doanh thu kê khai nộp thuế GTGT để xác định đối tượng đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ (có doanh thu vượt trên mức ngưỡng). Số doanh nghiệp có doanh thu dưới ngưỡng (doanh nghiệp nhỏ) nộp thuế theo phương pháp trực tiếp nhằm đơn giản hoá thủ tục, tiết kiệm chi phí cho người nộp thuế có qui mô kinh doanh nhỏ và chống gian lận thuế.
Vì vậy, bổ sung quy định ngưỡng doanh nghiệp có doanh thu 1 tỷ đồng/năm trở lên để áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT. Doanh nghiệp có doanh thu dưới ngưỡng 1 tỷ đồng/năm phải nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, trừ trường hợp có đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp này. Điều kiện đăng ký tự nguyện để áp dụng phương pháp khấu trừ sẽ giao Chính phủ quy định cho phù hợp với thực tế. (Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 4 Điều 1 của Luật.)
2. Về phương pháp tính trực tiếp trên GTGT
Các tổ chức kinh tế có doanh thu dưới ngưỡng (trừ trường hợp tự nguyện nộp theo phương pháp khấu trừ) và hộ, cá nhân kinh doanh sẽ nộp thuế theo phương pháp trực tiếp bao gồm: (1) doanh nghiệp, HTX có doanh thu dưới mức ngưỡng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ; (2) hộ, cá nhân kinh doanh; (3) nhà thầu nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam (trừ nhà thầu nước ngoài cung cấp hàng hoá, dịch vụ trong lĩnh vực dầu khí phải nộp thuế theo phương pháp khấu trừ theo cơ chế khấu trừ tại nguồn) và (4) tổ chức kinh tế khác.
Bổ sung quy định cách tính thuế GTGT theo tỷ lệ % trên doanh thu đối với từng lĩnh vực:
- Phân phối, cung cấp hàng hoá: 1%;
- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%;
- Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;
- Hoạt động kinh doanh khác: 2%.
(Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 5 Điều 1 của Luật).