Sửa đổi, bổ sung về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả gópcó giá trị hàng hoá, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGTđầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp khi điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh đồng thời hạch toán tăng chi phí tính thuế thu nhập doanh nghiệp khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã điều chỉnh giảm thì sau khi có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT và thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng. Trường hợp cơ sở kinh doanh không hạch toán tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã điều chỉnh giảm thì không phải điều chỉnh lại chi phí tính thuế TNDN.
Trường hợp đã quá hạn thanh toán chậm trả theo quy định trong hợp đồng, cơ sở kinh doanh không thực hiện điều chỉnh giảm theo quy định nhưng trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở, cơ sở kinh doanh có đầy đủ chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng thì nếu việc không điều chỉnh giảm không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, nếu việc không điều chỉnh giảm dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.
Cơ sở kinh doanh trong tháng vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước, nếu có số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên (thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng bao gồm: thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động xuất khẩu, phục vụ hoạt động kinh doanh trong nước chịu thuế và thuế GTGT chưa khấu trừ hết từ tháng trước chuyển sang), nhưng sau khi bù trừ với số thuế GTGT đầu ra của hàng hoá, dịch vụ bán trong nước và phân bổ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu trong kỳ với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của cơ sở kinh doanh trong kỳ, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa dịch vụ xuất khẩu đã tính phân bổ như trên chưa được khấu trừ nhỏ hơn 200 triệu đồng thì cơ sở kinh doanh không được xét hoàn thuế theo tháng, nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT theo tháng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.
Trên đây là một số nội dung mới sửa đổi, bổ sung trong Thông tư số 65/2013/TT-BTC và có hiệu lực từ ngày 01 tháng 7 năm 2013.