Tại Điều 13 của Dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế Giá trị gia tăng đang trình Quốc hội cho ý kiến tại kỳ họp lần này quy định nâng mức thuế đầu vào tối thiểu được hoàn lên 500 triệu đồng. Theo tờ trình của Chính phủ, Luật Thuế giá trị gia tăng hiện hành chưa quy định cụ thể về hàng hóa xuất khẩu mang theo người khi xuất cảnh để khuyến khích du lịch mua sắm. Mức tiền tối thiểu được hoàn thuế theo quy định hiện hành (200 triệu đồng) hiện không còn phù hợp với sức mua thực tế.
Bên cạnh đó, lý giải về sự điều chỉnh này, Bộ Tài chính cho rằng, mức thuế đầu vào tối thiểu 200 triệu đồng trong trường hợp dự án đầu tư và xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ đã được quy định từ năm 2000. Đến nay sau 12 năm, nếu đối chiếu với tỷ lệ lạm phát, sức mua và chỉ số giá đã tăng nhiều; số tiền 200 triệu đồng hiện đã tương đương với 500 triệu đồng (lấy giá tháng 12/2011 so với năm 2000 tăng 253,5%). Do sức mua theo mức tiền tối thiểu được hoàn thuế giảm đi nhiều đã làm tăng khối lượng hồ sơ, tăng thủ tục hoàn thuế cho người nộp thuế. Do vậy, để tiếp tục phát huy những ưu điểm của thuế giá trị gia tăng, kịp thời khắc phục những hạn chế, vướng mắc trong thực hiện, đáp ứng sức mua hàng hóa thực tế, nâng cao hiệu quả quản lý thuế trong giai đoạn tới thì việc sửa đổi điều này là cần thiết.
Việc điều chỉnh tăng mức tiền thuế đầu vào tối thiểu để được hoàn thuế VAT ở thời điểm này cũng khiến một số đại biểu băn khoăn. Theo đại biểu Trần Văn Huynh (Kiên Giang), việc nâng mức tiền thuế đầu vào tối thiểu để được hoàn thuế đối với đầu tư và xuất khẩu từ 200 triệu đồng lên 500 triệu đồng là chưa hợp lý, chỉ nên giữ như quy định hiện hành. Bởi lẽ, hiện sức mua của thị trường trong và ngoài nước đang giảm xuống, lượng hàng tồn kho tăng cao nên doanh nghiệp không nhanh chóng đạt mức tiền thuế đầu vào là 500 triệu đồng – gấp 2,5 lần so với mức hiện hành. Như vậy, việc nâng mức tiền thuế đầu vào có thể sẽ khiến doanh nghiệp chậm được hoàn thuế, làm gia tăng khó khăn về vốn.
Thực tế cũng cho thấy, nhiều doanh nghiệp nhỏ và vừa hiện có doanh thu thấp và số tiền thuế được hoàn hàng kỳ rất thấp. Nếu quy định mức tối thiểu được hoàn thuế 500 triệu đồng thì có những doanh nghiệp phải chịu thời gian rất dài mới đủ mức để được hoàn thuế. Điều đó sẽ gây ra khó khăn như tăng chi phí tài chính, giảm hiệu quả kinh doanh cho các doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp nhỏ và vừa.
Do đó, nhiều ý kiến cho rằng, giữ nguyên mức tiền tối thiểu được hoàn theo luật hiện hành là phù hợp. Hoặc có thể quy định mức thuế tối thiểu được hoàn theo mức doanh thu hàng tháng của các doanh nghiệp. Đồng thời quy định chặt chẽ về các điều kiện để hoàn thuế giá trị gia tăng nhằm nâng cao hiệu quả trong quản lý thuế và tránh thất thu thuế.
Mỗi một phương án sửa đổi, bổ sung nói chung và việc điều chỉnh, sửa đổi mức tiền thuế đầu vào tối thiểu được hoàn nói riêng, đều có những thuận lợi và khó khăn nhất định. Do vậy, Quốc hội cần nghiên cứu thật chi tiết để có thể đưa ra được những quy định phù hợp nhất với tình hình thực tế hiện nay. Và có thể nghiên cứu phương án giảm mức tiền thuế tối thiểu được hoàn thấp hơn so với mức Chính phủ trình (500 triệu đồng).