Theo quy định tại mục VIII phần C thông tư số 130/2008/TT-BTC, ngày 26 tháng 12 năm 2008 của Bộ tài Chính trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp như sau:
1. Doanh nghiệp được thành lập, hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam được trích tối đa 10% thu nhập tính thuế hàng năm trước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp. Doanh nghiệp tự xác định mức trích lập Quỹ phát triển khoa học công nghệ theo quy định trước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Hàng năm nếu doanh nghiệp có trích lập quỹ phát triển khoa học công nghệ thì doanh nghiệp phải lập Báo cáo trích, sử dụng Quỹ phát triển khoa học công nghệ và kê khai mức trích lập, số tiền trích lập vào tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. Báo cáo việc sử dụng Quỹ phát triển khoa học công nghệ được nộp cùng tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.
2. Trong thời hạn 5 năm, kể từ khi trích lập, nếu Quỹ phát triển khoa học và công nghệ không được sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích lập quỹ mà không sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.
Số tiền sử dụng không đúng mục đích thì sẽ không được tính vào tổng số tiền sử dụng cho mục đích phát triển khoa học và công nghệ.
- Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho doanh nghiệp trong thời gian trích lập quỹ.
- Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần quỹ không sử dụng hết là lãi suất trái phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm áp dụng tại thời điểm thu hồi và thời gian tính lãi là hai năm.
Ví dụ: Công ty A năm 2009 xác định mức trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ là 10% trên thu nhập tính thuế và công ty có trích lập quỹ khoa học công nghệ từ năm 2009 đến năm 2013. Đầu năm 2014 khi lập báo cáo quyết toán thuế TNDN năm 2013, Công ty lập báo cáo tình hình trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học công nghệ sau 5 năm căn cứ theo báo cáo trích, sử dụng Quỹ hàng năm như sau:
Mức trích lập quỹ năm 2009 là 2 tỷ đồng. Đến hết năm 2013 Công ty mới sử dụng cho nghiên cứu khoa học là 1,2 tỷ đồng. Trường hợp này Công ty chỉ sử dụng 60% quỹ đã trích (1,2/2 x 100), Công ty bị truy thu thuế và xử phạt như sau :
+ Thuế thu nhập doanh nghiệp bị truy thu do sử dụng không hết 70% quỹ (giả sử thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ là 25%):
(2 tỷ - 1,2 tỷ) x 25% = 200 triệu đồng
+ Lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp bị truy thu do sử dụng không hết 70% quỹ (giả sử lãi suất trái phiếu kho bạc kỳ hạn 1 năm là 12%):
200 triệu x 12% x 2 năm = 48 triệu đồng
Các năm sau năm 2009 mức trích lập và sử dụng quỹ KHCN được tính theo nguyên tắc số tiền trích quỹ trước thì sử dụng trước nêu trên.
- Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần quỹ sử dụng sai mục đích là mức lãi tính theo tỷ lệ phạt chậm nộp theo quy định của Luật quản lý thuế và thời gian tính lãi là khoảng thời gian kể từ khi trích lập quỹ đến khi thu hồi. Ngày thu hồi là ngày hành vi vi phạm được phát hiện và lập biên bản (trừ trường hợp không phải lập biên bản) .
Việc xác định thời điểm trích quỹ của số tiền sử dụng sai mục đích làm căn cứ tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần quỹ sử dụng sai mục đích theo nguyên tắc số tiền trích quỹ trước thì sử dụng trước.
Ví dụ: Công ty B trích lập Quỹ phát triển khoa học công nghệ như sau: kỳ tính thuế năm 2009 trích 200 triệu, năm 2010 trích 300 triệu, năm 2011 trích 300 triệu, năm 2012 trích 500 triệu, năm 2013 trích 700 triệu. Năm 2010, Công ty sử dụng 200 triệu từ Quỹ KHCN, trong đó có 40 triệu sử dụng sai mục đích. Hàng năm, Công ty lập Báo cáo trích, sử dụng Quỹ KHCN. Đến ngày 05/5/2011, qua kiểm tra, cơ quan thuế phát hiện năm 2010 Công ty sử dụng 40 triệu từ Quỹ KHCN sai mục đích và lập biên bản xử phạt. Lãi phạt nộp chậm theo quy định hiện hành của Luật quản lý thuế là 0,05%/ngày.
Trường hợp 1: Năm 2009, Công ty sử dụng 150 triệu cho đề án KHCN thì:
- Số tiền 40 triệu sử dụng sai được xác định là từ tiền trích Quỹ của kỳ tính thuế năm 2009.
- Số thuế TNDN bị truy thu do sử dụng không đúng mục đích:
40 triệu đồng x 25% = 10 triệu đồng
- Số ngày tính phạt chậm nộp: từ ngày 01/4/2010 đến hết ngày 05/5/2011: 400 ngày.
Lãi phạt nộp chậm: 10 triệu x 0,05% /ngày x 400 ngày = 2 triệu đồng
Trường hợp 2: Năm 2009, Công ty sử dụng 200 triệu cho đề án KHCN thì:
- Số tiền 40 triệu sử dụng sai được xác định là từ tiền trích Quỹ của kỳ tính thuế năm 2010.
- Số thuế TNDN bị truy thu do sử dụng không đúng mục đích:
40 triệu đồng x 25% = 10 triệu đồng
- Số ngày tính phạt chậm nộp: từ ngày 01/4/2011 đến hết ngày 05/5/2011: 35 ngày.
Lãi phạt nộp chậm: 10 triệu đồng x 0,05%/ngày x 35 ngày = 175.000 đồng
3. Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp chỉ được sử dụng cho đầu tư khoa học, công nghệ tại Việt Nam. Các khoản chi từ Quỹ phát triển khoa học và công nghệ phải có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.
4. Doanh nghiệp không được hạch toán các khoản chi từ Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế trong kỳ tính thuế.
5. Doanh nghiệp đang hoạt động mà có sự thay đổi về hình thức sở hữu, hợp nhất, sáp nhập thì doanh nghiệp mới thành lập từ việc thay đổi hình thức sở hữu, hợp nhất, sáp nhập được kế thừa và chịu trách nhiệm về việc quản lý, sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp trước khi chuyển đổi, hợp nhất, sáp nhập.
Doanh nghiệp nếu có Quỹ phát triển khoa học và công nghệ chưa sử dụng hết khi chia, tách thì doanh nghiệp mới thành lập từ việc chia, tách được kế thừa và chịu trách nhiệm về việc quản lý, sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp trước khi chia, tách. Việc phân chia Quỹ phát triển khoa học và công nghệ do doanh nghiệp quyết định và đăng ký với cơ quan thuế.