Theo quy định tại điểm 2.5 Mục I phần H thông tư số 130/2008/TT-BTC, ngày 26 tháng 12 năm 2008 của Bộ tài Chính:
Trường hợp trong kỳ tính thuế doanh nghiệp vừa có hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế vừa có hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và hoạt động kinh doanh không được ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.
Trường hợp hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế bị lỗ, hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế (trừ hoạt động chuyển nhượng bất động sản) có thu nhập (hoặc ngược lại) thì doanh nghiệp bù trừ vào thu nhập chịu thuế của các hoạt động kinh doanh có thu nhập do doanh nghiệp tự lựa chọn. Phần thu nhập còn lại sau khi bù trừ áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất của hoạt động kinh doanh còn thu nhập.