Theo quy định tại Mục III Thông tư số 04/2009/TT-BTC ngày 13 tháng 01 năm 2009 thực hiện tạm hoàn thuế như sau:
1. Cơ quan thuế có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra, xem xét hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp và giải quyết hoàn thuế theo quy định. Đối với hồ sơ doanh nghiệp đề nghị được tạm hoàn thuế GTGT nếu thuộc đối tượng được tạm hoàn trước khi kiểm tra thì cơ quan thuế ra quyết định tạm hoàn thuế cho doanh nghiệp, trong quyết định hoàn thuế ghi rõ là số thuế GTGT tạm hoàn theo hồ sơ đề nghị của doanh nghiệp.
2. Cơ quan thuế phải mở hồ sơ theo dõi riêng các trường hợp tạm hoàn thuế GTGT.
Cơ quan thuế thực hiện hoàn tiếp 10% số thuế GTGT chưa được hoàn của hồ sơ hoàn thuế khi doanh nghiệp có văn bản đề nghị và đủ chứng từ quy định ở Điểm 2 Mục II Thông tư này.
3. Thời gian giải quyết hoàn thuế:
- Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT của hàng hóa xuất khẩu, chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì thời hạn giải quyết tạm hoàn thuế (90%) tối đa không quá 07 (bảy) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp; đối với số thuế GTGT hoàn tiếp 10% thì thời hạn giải quyết hoàn thuế tối đa không quá 04 (bốn) ngày làm việc, kể từ ngày cơ quan thuế nhận được văn bản đề nghị hoàn thuế tiếp 10% của doanh nghiệp.
- Đối với các trường hợp được tạm hoàn thuế khác theo kết quả kiểm tra hồ sơ hoàn thuế:
+ Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì thời hạn giải quyết tạm hoàn thuế tối đa không quá 08 (tám) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp.
+ Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau: Trong vòng 05 (năm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp, cơ quan thuế phải thực hiện tổ chức kiểm tra số thuế doanh nghiệp đề nghị hoàn. Thủ tục và thời gian kiểm tra hoàn thuế tại trụ sở doanh nghiệp thực hiện theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản quy định, hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế hiện hành. Tổng thời gian kiểm tra, xác minh và ra quyết định hoàn thuế đối với từng trường hợp này không quá 30 (ba mươi) ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp.
Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì ra quyết định hoàn thuế ngay tương ứng với số thuế đã đủ điều kiện hoàn; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, giải trình, bổ sung hồ sơ thì phải có thông báo gửi doanh nghiệp