Theo quy định tại điểm 1.3 mục II phần B thông tư số 129/2008/TT-BTC các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% gồm:
Tái bảo hiểm ra nước ngoài; chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ ra nước ngoài; chuyển nhượng vốn, cấp tín dụng, đầu tư chứng khoán ra nước ngoài; dịch vụ tài chính phái sinh; dịch vụ bưu chính, viễn thông chiều đi ra nước ngoài; sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác; hàng hoá, dịch vụ cung cấp cho cá nhân không đăng ký kinh doanh trong khu phi thuế quan, trừ các trường hợp khác theo quy định của Thủ tướng Chính phủ;
- Xăng, dầu bán cho xe ô tô của cơ sở kinh doanh trong khu phi thuế quan mua tại nội địa;
- Xe ô tô bán cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan.
- Các dịch vụ do cơ sở kinh doanh nội địa cung cấp cho tổ chức, cá nhân ở trong khu phi thuế quan nhưng địa điểm cung cấp và tiêu dùng dịch vụ ở ngoài khu phi thuế quan như: Cho thuê nhà, hội trường, văn phòng, khách sạn, kho bãi; dịch vụ vận chuyển, đưa đón người lao động.