Tại công văn số 6170/BTC-TCT ngày 29 tháng 4 năm 2009 của Bộ tài chính hướng dẫn về việc áp dụng thuế giá trị gia tăng (GTGT), thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và sử dụng hoá đơn lẻ đối với tổ chức kinh tế của tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân, tổ chức sự nghiệp và các tổ chức khác có hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ. Về việc này Tổng cục Thuế hướng dẫn như sau:
1. Về thuế giá trị gia tăng:
Theo quy định tại Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng:
- Tại điểm 2.2 Mục I Phần A quy định người nộp thuế GTGT có hướng dẫn: "Các tổ chức kinh tế của tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân, tổ chức sự nghiệp và các tổ chức khác".
- Tại điểm 2.1.b Mục III Phần B quy định: "Tổ chức, cá chân nước ngoài kinh doanh không theo Luật Đầu tư và các tổ chức khác không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật." thực hiện nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp.
- Điểm 2.2.b Mục III Phần B quy định: "Đối với cơ sở kinh doanh bán hàng hoá, dịch vụ có đầy đủ hoá đơn của hàng hoá, dịch vụ bán ra theo chế độ quy định hoặc có đủ điều kiện xác định được đúng doanh thu bán hàng hoá, dịch vụ như hợp đồng và chứng từ thanh toán nhưng không có đủ hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ đầu vào thì GTGT được xác định bằng doanh thu nhân (x) với tỷ lệ (%) GTGT tính trên doanh thu.
Tỷ lệ (%) giá trị gia tăng tính trên doanh thu làm căn cứ xác định giá trị gia tăng được quy định như sau:
- Thương mại (phân phối, cung cấp hàng hoá): 10%.
- Dịch vụ, xây dựng (trừ xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu): 50%.
- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 30%."
2. Về thuế thu nhập doanh nghiệp:
Theo quy định tại Thông tư số 130/2009/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp:
- Điểm 1.2, 1.5 Phần A quy định về người nộp thuế thu nhập doanh nghiệp hướng dẫn: "Các đơn vị sự nghiệp công lập, ngoài công lập có sản xuất kinh doanh hàng hoá, dịch vụ có thu nhập trong tất cả các lĩnh vực." và "Tổ chức khác ngoài các tổ chức nêu tại các điểm 1.1, 1.2, 1.3 và 1.4 khoản 1 Phần này có hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hoá hoặc dịch vụ và có thu nhập chịu thuế".
- Điểm 4 Phần B quy định: "Đơn vị sự nghiệp có phát sinh hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (tương ứng với mức thuế suất 25%) sau khi đã thực hiện ưu đãi miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp (nếu có) mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hoá, dịch vụ, cụ thể như sau:
- Đối với dịch vụ: 5%;
- Đối với kinh doanh hàng hoá: 1%;
- Đối với hoạt động khác: 2%."
3. Căn cứ các quy định nêu tại điểm 1, điểm 2 trên:
- Từ ngày 01/01/2009, tổ chức kinh tế của tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân, tổ chức sự nghiệp và các tổ chức khác có hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT thì các đơn vị này phải đăng ký, kê khai, nộp thuế GTGT, thuế thu nhập doanh nghiệp theo Luật định.
Trường hợp các đơn vị nêu trên có đủ hoá đơn bán hàng hoá, cung cấp dịch vụ và xác định được doanh thu nhưng không hạch toán và không xác định riêng được chi phí, không xác định được riêng thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ thì đơn vị thực hiện nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp và áp dụng tỷ lệ GTGT quy định tại điểm 2.2.b Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo tỷ lệ (%) theo quy định tại điểm 4 Phần B Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính nêu trên.
- Đối với tổ chức, đơn vị hành chính sự nghiệp có sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT phát sinh không thường xuyên, không có hoá đơn thì được cơ quan thuế cung cấp hoá đơn lẻ để sử dụng cho từng trường hợp.