Theo quy định tại điểm 2 Điều 2 Thông tư số 45/2009/TT-BTC ngày 11/03/2009 kê khai, nộp thuế đối với cơ sở sản xuất thủy điện như sau:
2.1 Cơ sở sản xuất thủy điện nêu tại điểm 1.1 Khoản 1 Điều này thực hiện kê khai thuế GTGT tại đia phương nơi có nhà máy sản xuất thủy điện (nơi có tuabin, đập thủy điện và những cơ sở vật chất chủ yếu của nhà máy điện).Trường hợp nhà máy sản xuất thủy điện (nơi có tuabin, đập thủy điện và những cơ sở vật chất chủ yếu của nhà máy điện) nằm chung trên địa bàn hai tỉnh thì số thuế GTGT do cơ sở sản xuất thủy điện nộp sẽ được phân chia theo tỷ lệ 50% cho mỗi tỉnh.
Cơ sở sản xuất thủy điện nộp hồ sơ kê khai thuế GTGT với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ky kê khai thuế và sao gửi giây tờ khai thuế GTGT cho cơ quan thuế địa phương nơi có chung nhà máy thủy điện để theo dõi.
2.2 Đối với công ty thủy điện hoạch toán phụ thuộc EVN: Công ty thực hiện kê khai thuế GTGT cho cơ quan thuế địa phương nơi đóng trự sở theo mẫu Tờ khai thuế GTGT dùng cho các cơ sở hoạch toán phụ thuộc EVN ban hành kèm theo Thông tư này đồng thời sao gửi địa phương nơi có chung nhà máy sản xuất thủy điện (nếu có) và nộp thuế GTGT cho kho bạc đại phương nơi có nhà máy thủy điện. Trường hợp nhà máy thủy điện (nơi có tuabin, đập thủy điện và những cơ sở vật chất chủ yếu của nhà máy điện) nằm chung trên địa bàn hai tỉnh thì số thuế GTGT do công ty thủy điện hoạch toán phụ thuộc EVN nộp được phân chia theo tỷ lệ 50% cho mỗi tỉnh.
Số thuế GTGT đã nộp của các công ty thủy điện hoạch toán phụ EVN (căn cứ theo chứng từ nộp tiền) được xác định là số thuế GTGT đầu vào của EVN và EVN được kê khai khấu trừ theo quy định.
2.3 Thủ tục luân chuyển chứng từ:
Cơ sở sản xuất thủy điện thực hiện nộp thuế GTGT vào ngân sách nhà nước theo quy định. Trường hợp cơ sở sản xuất thủy điện là công ty có nhà máy sản xuất thủy điện (nơi có tuabin, đập thủy điện và những cơ sở vật chất chủ yếu của nhà máy điện) nằm chung trên địa bàn các tỉnh thì cơ sở sản xuất thủy điện nộp thuế GTGT tại kho bạc nhà nước nơi đăng ký kê khai thuế( hoặc nơi đóng trụ sở Công ty) đồng thời nộp thuế GTGT cho kho bạc địa phương nơi được hưởng số thu về thuế GTGT. Các chứng từ nộp thuế được lập riêng cho từng kho bạc nhà nước, trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ tài khoản thu ngân sách nhà nước tại các địa phương nơi có nhà máy thủy điện hoặc nơi được hưởng.
2.4. Việc kê khai nộp thuế GTGT đối với một số trường hợp cụ thể:
2.4.1.Công ty thủy điện Hòa Bình (đơn vị hoạch toán phụ thuoocj EVN ) có trụ sở Công ty và Nhà máy thủy điện Hòa Bình cùng nằm trên địa bàn tỉnh Hòa Bình thì Công ty thủy điện Trị An thực hiện kê khai, nộp toàn bộ thuế GTGT tại tỉnh Hòa Bình.
2.4.2. Công ty thủy điện Trị An (đơn vị hoạch toán phụ thuộc EVN) có trụ sở Công ty và Nhà máy thủy điện Trị An cùng trên địa bàn tỉnh Đồng Nai thì Công ty thủy điện Trị An thực hiện kê khai, nộp toàn bộ thuế GTGT tại tỉnh Đồng Nai.
2.4.3 Công ty thủy điện Yaly (đơn vị hoạch toán phụ thuộc EVN), có trụ sở Công ty tại tỉnh Gia Lai nhưng có 3 Nhà máy thủy điện: Nhà máy thủy điện Yaly, nhà máy thủy điện Sêsan, Nhà máy thủy điện Pleikrong.
Công ty thủy điện Yaly thực hiện kê khai thuế GTGT tại tỉnh Gia Lai, số thuế GTGT được phân chia như sau:
+ Số thuế GTGT của Nhà máy thủy điện Yaly, Nhà máy thủy điện Sêsan 3, do Công ty thủy điện Yaly nộp cho hai tỉnh Gia Lai và Kon Tum theo tỷ lệ 50% cho mỗi tỉnh.
+ Toàn bộ số thuế GTGT của Nhà máy thủy điện Pleikrong được Công ty thủy điện Yaly nộp cho tỉnh Kon Tum.
2.4.4. Công ty thủy điện Đại Ninh (đơn vị hoạch toán phụ thuộc EVN) có trụ sở công ty tại tỉnh Lâm Đồng, có Nhà máy thủy điện Đại Ninh nằm trên địa bàn Tỉnh Bình Thuận, đập thủy điện Đại Ninh thực hiện khai thuế GTGT tại tỉnh Lâm Đồng, số thuế GTGT của Nhà máy thủy điện Đại Ninh được nộp cho hai tỉnh Bình Thuận và Lâm Đồng theo tỷ lệ 50% cho mỗi tỉnh.
2.4.5.Công ty cổ phần đẩu tư phát triển điện Sêsan 3A, đơn vị không thuộc EVN có trụ sở công ty tại tỉnh Gia Lai, có nhà máy thủy điện Sêsan 3A nằm trên hai địa bàn tỉnh Gia Lai và Kon Tum thì Công ty cổ phần thủy điện Sêsan 3A thực hiện kê khai thuế GTGT tại tỉnh Gia Lai và số thuế GTGT của Nhà máy thủy điện Sêsan 3A được công ty cổ phần đầu tư phát triển điện Sêsan 3A nộp cho hai tỉnh Gia lai và Kon Tum theo tỷ lệ 50% cho mỗi tỉnh.