Tại Điều 12 Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008 của Quốc Hội khóa 12 quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:
a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ;
b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Trường hợp thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng và không chịu thuế giá trị gia tăng thì được khấu trừ toàn bộ;
c) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ bán cho tổ chức, cá nhân sử dụng nguồn vốn viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại được khấu trừ toàn bộ;
d) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung; thời gian để kê khai, bổ sung tối đa là sáu tháng, kể từ thời điểm phát sinh sai sót.
2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:
a) Có hoá đơn giá trị gia tăng mua hàng hoá, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu;
b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ hàng hoá, dịch vụ mua từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng;
c) Đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản này phải có hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hoá, cung ứng dịch vụ, hoá đơn bán hàng hoá, dịch vụ, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, tờ khai hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu.
Việc thanh toán tiền hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu dưới hình thức thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu, trả nợ thay Nhà nước được coi là thanh toán qua ngân hàng.