Theo Bộ Tài chính, từ 1-1-2014 thực hiện các quy định của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp (Luật thuế TNDN) sẽ có nhiều ưu đãi thuế đối với khu công nghiệp (KCN).
Theo đó, Luật đã bổ sung quy định ưu đãi thuế đối với KCN: thu nhập của DN từ thực hiện dự án đầu tư mới tại KCN (trừ KCN nằm trên địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội thuận lợi) được miễn thuế trong 2 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo.
Hiện nay, căn cứ vào mức độ phát triển kinh tế - xã hội, quy mô dân số và điều kiện cơ sở hạ tầng mà Chính phủ phân thành các loại đô thị bao gồm: đô thị loại đặc biệt, loại I, II, III, IV và loại V. Trong đó, đô thị loại đặc biệt có Hà Nội, TP.Hồ Chí Minh; đô thị loại I trực thuộc Trung ương gồm TP. Hải Phòng, TP. Đà Nẵng và TP. Cần Thơ; đô thị loại I trực thuộc tỉnh gồm: TP. Huế, Vinh, Đà Lạt, Nha Trang, Quy Nhơn, Buôn Mê Thuột, Thái Nguyên, Nam Định và Việt Trì.
Với mục tiêu và định hướng thu hút đầu tư vào các KCN ở các địa bàn kém thuận lợi, hạn chế phát triển KCN ở khu vực nội thành, gồm nội thành của các thành phố trực thuộc Trung ương và các thành phố lớn thuộc tỉnh; có mức ưu đãi hài hòa giữa các KCN theo địa bàn, bảo đảm ưu đãi cao hơn cho những địa bàn ít thuận lợi hơn, đồng thời việc xác định địa bàn có tính tương đối ổn định, lâu dài, tiêu chí rõ ràng, minh bạch do có cơ sở pháp lý cụ thể.
Trong dự thảo Nghị định hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế TNDN và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TNDN, Bộ Tài chính đã quy định theo hướng thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại khu công nghiệp (trừ khu công nghiệp nằm trên địa bàn các quận nội thành thuộc đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương hoặc khu công nghiệp nằm trên địa bàn các đô thị loại I trực thuộc tỉnh) được miễn thuế tối đa không quá 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá 4 năm tiếp theo.
Theo tính toán của Bộ Tài chính, nếu thực hiện quy định này thì sẽ có 28/289 KCN (tính đến hết năm 2012) đã được cấp Giấy chứng nhận đầu tư cho dự án phát triển kết cấu hạ tầng KCN, trong đó có 179 KCN đã thành lập và đi vào hoạt động không được hưởng ưu đãi thuế TNDN. Đây là các KCN thuộc khu vực nội thành của 14 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trên cả nước.
Trong thời gian tới các KCN trong Quy hoạch phát triển các KCN Việt Nam nếu được thành lập và thuộc các địa bàn này cũng sẽ không được hưởng ưu đãi thuế TNDN (hiện còn hơn 100 KCN trong Quy hoạch phát triển các KCN đến năm 2020 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt chưa thực hiện thủ tục đầu tư, thành lập).
Theo đánh giá của Bộ Tài chính và Bộ Kế hoạch Đầu tư, trong hơn 10 năm xây dựng và hình thành các KCN, khu chế xuất, quy mô phát triển được bố trí tập trung có bước phát triển vượt bậc. Trong số các KCN được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và ra quyết định thành lập, nhiều khu công nghiệp rất thành công và mang lại hiệu quả kinh tế - xã hội cao. Nhiều tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương đã rất thành công trong phát triển các KCN.
Mục tiêu của Việt Nam từ nay đến năm 2020, phát triển các KCN có tầm nhìn dài hạn lấy hiệu quả kinh tế - xã hội, môi trường là mục tiêu cao nhất, phù hợp với định hướng phát triển và phân bố lực lượng sản xuất hợp lý của cả nước và các vùng lãnh thổ. Đa dạng hóa các hình thức đầu tư tăng cường sự tham gia của các thành phần kinh tế và hợp tác quốc tế. Phát triển các KCN đi liền với đổi mới, hoàn thiện các biện pháp quản lý và đảm bảo quốc phòng - an ninh.
Trên cơ sở đó, Nhà nước không can thiệp trực tiếp vào việc đầu tư phát triển các KCN tại các vùng kinh tế trọng điểm, những vùng thuận lợi trong thu hút đầu tư. Hạn chế sử dụng vốn NSNN cho phát triển hạ tầng các KCN. Vốn ngân sách chỉ được sử dụng cho phát triển hạ tầng các khu công nghiệp trong điều kiện đối với những KCN có ý nghĩa quyết định đến phát triển kinh tế xã hội cả nước, của những vùng cần có sự hỗ trợ để tạo đà phát triển, đặc biệt là các KCN quy mô vừa và nhỏ.