Nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho DN khi thực hiện thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa XNK quy định tại Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, trong công văn 8356/BTC-TCHQ, Bộ Tài chính hướng dẫn DN về thời hạn nộp thuế đối với một số trường hợp đặc thù (trừ trường hợp được nộp dần tiền thuế nợ quy định tại khoản 25 Điều 1).
Cụ thể: Hàng hóa XK, NK đăng ký tờ khai hải quan một lần để XK, NK nhiều lần thì thời hạn nộp thuế thực hiện theo quy định và áp dụng đối với từng lần thực tế XK, NK.
Hàng hóa XK, NK còn trong sự giám sát của cơ quan Hải quan, nhưng bị cơ quan Nhà nước có thẩm quyền tạm giữ để điều tra, chờ xử lý thì thời hạn nộp thuế đối với từng trường hợp thực hiện theo quy định nhưng được tính từ ngày cơ quan Nhà nước có thẩm quyền có văn bản cho phép giải tỏa hàng hóa đã tạm giữ.
Đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư đã NK trước ngày 1-7-2013 (thời điểm Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế có hiệu lực -PV) để sản xuất hàng hóa XK và hàng hóa TNTX chuyển tiêu thụ nội địa thực hiện kê khai nộp thuế trước khi được chuyển tiêu thụ nội địa.
Trường hợp nguyên liệu, vật tư NK sau ngày 1-7-2013 để sản xuất hàng XK nhưng tái xuất nguyên liệu, vật tư thì tính lại thời hạn nộp thuế, tiền chậm nộp kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng.
Trường hợp nguyên liệu, vật tư NK sau ngày 1-7-2013 để sản xuất hàng hóa XK nhưng XK sản phẩm ngoài thời hạn nộp thuế; NK theo loại hình kinh doanh TNTX nhưng TX ngoài thời hạn nộp thuế thì phải trả tiền chậm nộp kể từ ngày quá thời hạn nộp thuế (nếu ngày thực nộp thuế trước ngày thực XK sản phẩm hoặc TX).
Bên cạnh đó, theo hướng dẫn tại công văn 8356/BTC-TCHQ, hàng hóa NK phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng đã được thông quan nếu kiểm tra, xác định hàng hóa không thuộc đối tượng được xét miễn thuế thì phải trả tiền chậm nộp kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng đến ngày thực nộp thuế và bị xử phạt vi phạm theo quy định (nếu có).
Đối với hàng NK phục vụ trực tiếp nghiên cứu khoa học, giáo dục, đào tạo thuộc đối tượng được xét miễn thuế, trong thời gian chờ xét miễn thuế, người nộp thuế phải cam kết thực hiện quyết định cuối cùng của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về số tiền thuế phải nộp. Trường hợp kiểm tra, xác định hàng hóa không thuộc đối tượng được xét miễn thuế thì phải tính lại thời hạn nộp thuế và phải trả tiền chậm nộp kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng đến ngày thực nộp thuế và bị xử phạt vi phạm theo quy định (nếu có).
Trường hợp khai báo bổ sung tiền thuế thiếu, tiền thuế do cơ quan Hải quan ấn định thì thời hạn nộp thuế được tính từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng.