Theo quy định tại điểm 2.8 Mục I phần H thông tư số 130/2008/TT-BTC, ngày 26 tháng 12 năm 2008 của Bộ tài Chính
Doanh nghiệp trong thời gian đang được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra kiểm tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ miễn thuế, giảm thuế thì doanh nghiệp được hưởng miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định. Tuỳ theo lỗi của doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt vi phạm pháp luật về thuế theo quy định.
- Doanh nghiệp đang trong thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra quyết toán thuế kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp miễn thuế, giảm thuế theo quy định nhỏ hơn so với đơn vị tự kê khai thì doanh nghiệp chỉ được miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo số thuế thu nhập doanh nghiệp do kiểm tra, thanh tra phát hiện. Tuỳ theo lỗi của doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt vi phạm pháp luật về thuế theo quy định.