Tại công văn số 10354/BTC-TCT ngày 20 tháng 7 năm 2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động khai thác khoáng sản, như sau:
Tại khoản 2 Điều 19 Nghị định số 124/2008/NĐ- CP ngày 11 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp quy định : “ điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp: Thu nhập không được áp dụng quy định về ưu đãi thuế thu nhập daonh nghiệp gồm: các khoản thu nhập được quy định tại điểm a, b và c khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và thu nhập từ hoạt động khai thác khoáng sản.”.
Tại điểm 2 Điều 20 Nghị định số 124 Nghị định số 124/2008/NĐ- CP nêu trên quy định : “ Doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo số 09/2003/QH11, Luật Dầu khí và các văn bản pháp luật của Chính phủ ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng các ưu đãi theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11, Luật Dầu khí và các văn bản pháp luật của Chính phủ đã ban hành cho thời gian còn lại”.
Tại điểm 2.1; điểm 2.5 và tiết d điểm 2.6 Mục I Phần H Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/20008 của Bộ tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 và hướng dẫn thi hành Nghị định số 124/2008/NĐ –CP ngày 11 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp quy định nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN.
“ 2.1. Trong thời gian đang ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải hạch toán tiêng thu nhập từ hoạt sộng sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp( bao gồm mức thuế suất ưu đãi hoặc miễn, giảm thuế).
1.5. Trường hợp trong kỳ tính thuế, doanh nghiệp vừa có hoạt động kinh doanh dược hưởng ưu đãi thuế thì phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.
2.6.d. Việc ưu đãi thuế TNDN không áp dụng đối với thu nhập từ hoạt động khai thác khoáng sản.”
Tại điểm 2 Phần I Thông tư số 130/20008/TT- BTC nêu trên quy định:
“ Doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp ( bao gồm mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp thì tiếp tục được hưởng các mức ưu đãi này cho thời gian còn lại.
....
Đến hết kỳ tính thuế năm 2008, doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế ( thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế TNDn hoặc thêo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp thì tiếp tục hưởng số năm được áp dụng thuế suất và mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.”.
Căn cứ các quy định nêu trên, nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN đã được quy định tại Nghị định số 124/2008/NĐ- CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ và Thông tư số 130/2008/TT- BTC ngày 26/12/2008 của Bộ tài chính; theo đó:
Không áp dụng ưu đãi thuế TNDN đói với thu nhập từ hoạt động khai thác khoáng sản của các doanh nghiệp được thành lập và cấp phép đầu tư về hoạt động khai thách khoáng sản từ ngày 01/01/2009. Trường hợp doanh nghiệp khai thác khoáng sản hoạt động trước ngày 01/01/2009 đang hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/ QH11, Luật Dầu khí và các văn bản pháp luật của Chính phủ ban hành trước ngày 01/01/2009 thì tiếp tục được hưởng các ưu đãi theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11, Luật dầu khí và các văn bản pháp luật của Chính phủ đã ban hành cho thời gian còn lại. Trường hợp trong kỳ tính thuế doanh nghiệp vừa có hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế vừa có hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi về thuế.