Theo quy định tại Điều 4 Thông tư 45/2009/TT-BTC ngày 11/03/2009 của Bộ tài chính về việc hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng, thuế tài nguyên, thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các cơ sở sản xuất thủy điện, về thues thu nhập doanh nghiệp của Công ty thủy điện hạch toán độc lập như sau:
- 1. Nguyên tắc xác định
Công ty thủy điện hạch toán độc lập nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi có trụ sở chính. Công ty thủy điện hạch toán độc lập có các sơ sở sản xuất thủy điện hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phó trực thuốc trung ướng khác với địa bàn nơi Công ty thủy điện đóng trụ sở chính; các cơ sở sản xuất thủy điện hạch toán phục thuộc Công ty mẹ ở tập đoàn Điện lực Việt Nam( bao gồm các công ty thủy điện hạch toán phụ thuộc và các nhà mày thủy điện phụ thuộc) có trụ sở tại sác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ướng khác với trụ sở chính của văn phòng EVN thì số thuế thu nhập doanh nghiệp được tính nộp ở nơi có trụ sở chính và nơi có các cơ sở sản xuất thủy điện hạch toán phụ thuộc.
- 2. Xác định số thuế và thủ tục kê khai, nộp thuế.
2.1 Số thuế thu nhập doanh nghiệp tính nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có các đơn vị thủy điện hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ nhân(x) với tỷ lệ chi phí của các cơ sở sản xuất thủy điện hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiêp.
Công ty thủy điện hạch toán độc lập, công ty mẹ ở Tập đoàn Điệc lực Việt Nam tự xác định tỷ lệ chi phí của trụ sở chính và các cơ sở sản xuất thủy điện hạch toán phụ thuộc căn cứ theo số liệu quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2008 và tỷ lệ này được sử dụng ổn định từ năm 2009 trở đi. Trường hợp các đơn vị đang hoạt động có th ành lập thêm hoặc thu hẹp các cơ sở sản xuất thủy điện hạch toán phụ thuộc ở các địa phương thì phải tự xác định lại tỷ lệ chi phí đối với trường hợp thay đổi này và sử dụng cho các kỳ kê khai thuế tiếp theo.
2.2 Công ty thủy điện hạch toán độc lập, Công ty mẹ ở Tập đoàn Điện lực Việt Nam có trách nhiệm khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số thuế thu nhập phát sinh tại trụ sở chính và tại đơn vị hạch toán phụ thuộc theo mẫu biểu thuế TNDN tính nộp của doanh nghiệp có đơn vị thủy điện hạch toán phụ thuộc.
- 3. Thủ tục luân chuyển chứng từ giữa Kho bạc và cơ quan Thuế.
Công ty thủy điện hạch toán độc lập, Công ty mẹ ở Tập đoàn điện lực Việt Nam nộp thuế thu nhập doanh nghiệp phát sinhowir nơi đóng trụ sở chính cho Kho bạc Nhà Nước đồng cấp với cơ quan thues nơi doanh nghiệp đăng ký kê khai thuế đồng thời nộp thay số thuế phải nộp của các cơ sở sản xuất thủy điện phụ thuộc tại địa phương. Các chứng từ nộp thuế được lập riêng cho từng kho bác nhà nước, trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ tài khoản thu ngân sách nhà nước các địa phương nơi có nhà máy thủy điện hoặc nơi được hưởng.
- 4. Quyết toán thuế.
Công ty thủy điện hạch toán độc lập, Công ty mẹ Tập đoàn điện lực Việt Nam khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi có trụ sở chính, số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quyết toán trừ đi số đã tạm nộp tại nơi có trụ sở chính và tạm nộp tại nơi có các đơn vị phụ thuộc. Số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp ( thừa hoặc thiếu) được quyết toán và nộp hoặc hoàn tại nơi có trụ sở chính.
Trường hợp khi kiểm tra quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp có phát sinh chênh lệch ( thừa hoặc thiếu) thì số thuế thu nhập doanh nghiệp ( thừa hoặc thiếu) phải nộp tại nơi có trụ sở chính, không phải phân bổ lại cho các nơi có cơ sở sản xuất hạch toàn phụ thuộc
- Đối với thuế TNDN: áp dụng từ kỳ khai thuế TNDN quý I năm 2009 trở đi.