Bộ Tài chính đã có hướng dẫn đối với cục hải quan các tỉnh, thành phố để thống nhất trong việc xử lý thuế NK đối với hàng hóa là máy móc, thiết bị, phương tiện vận chuyển của các công ty cho thuê tài chính NK cho các dự án ưu đãi đầu tư thuê tài chính.
Trường hợp công ty thuê tài chính NK máy móc, thiết bị, các phương tiện vận chuyển để cho đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế NK quy định tại các khoản 7, 9, 11, 12, 14 Điều 101 Thông tư 194/2010/TT-BTC thì cũng được miễn thuế NK như chủ dự án trực tiếp NK theo quy định tại khoản 1 Điều 22 Nghị định 16/2001/NĐ-CP kể từ ngày 1-5-2013.
Theo đó, công ty thuê tài chính được miễn thuế NK máy móc, thiết bị với điều kiện: Công ty cho thuê tài chính và chủ dự án đầu tư phải có hợp đồng thuê tài chính trong đó ghi rõ giá thuê máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải do các công ty cho thuê tài chính NK cho các dự án ưu đãi đầu tư thuê không bao gồm thuế NK.
Khi NK, công ty cho thuê tài chính phải xuất trình Danh mục hàng hóa NK miễn thuế; Phiếu theo dõi trừ lùi hàng hóa miễn thuế do chủ dự án ưu đãi đầu tư đăng ký với cơ quan Hải quan theo quy định hiện hành. Trên cơ sở đó, cơ quan Hải quan theo dõi trừ lùi vào số lượng hàng hóa miễn thuế do chủ dự án đăng ký với cơ quan Hải quan theo Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp.
Trường hợp hợp đồng cho thuê tài chính chấm dứt, chủ dự án, hàng hóa không được sử dụng cho dự án ưu đãi đầu tư như mục đích khi NK, công ty cho thuê tài chính phải báo cáo với cơ quan Hải quan nơi NK để xử lý thu thuế NK trên phần giá trị còn lại của máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải đã được miễn theo quy định. Dự án ưu đãi đầu tư không được NK hàng hóa thay thế cho hàng hóa đi thuê tài chính đã được miễn thuế NK.