Theo dự thảo Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính: Trong hoạt động của Quỹ phát triển đất nếu có phát sinh thu nhập mà thu nhập này được để lại bổ sung nguồn vốn hoạt động của Quỹ, thì vẫn được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp, trường hợp khoản thu nhập nhận được không dùng để bổ sung nguồn vốn hoạt động của Quỹ thì phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định.
Theo đó: Thu nhập chịu thuế bằng doanh thu trừ các khoản chi được trừ, cộng thu nhập khác. Doanh thu là toàn bộ nguồn thu của Quỹ quy định tại Điều 18 Quy chế mẫu về quản lý, sử dụng Quỹ phát triển đất. Các khoản chi được trừ là các khoản chi theo quy định tại Điều 19 Quy chế mẫu về quản lý, sử dụng Quỹ phát triển đất phù hợp với quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn. Các khoản thu nhập khác theo quy định của pháp luật. Thu nhập tính thuế trong kỳ tính thuế được xác định bằng thu nhập chịu thuế trừ thu nhập để lại bổ sung nguồn vốn hoạt động của Quỹ. Quỹ phát triển đất nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất 25% đối với thu nhập tính thuế nêu trên. Bên cạnh đó, các dịch vụ tín dụng do Quỹ phát triển đất cung cấp theo quy định tại khoản 1 Điều 34 Nghị định 69/2009/NĐ-CP và Điều 11 Quy chế mẫu về quản lý, sử dụng Quỹ phát triển đất thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng. Trường hợp Quỹ có mua sắm, nhập khẩu hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho hoạt động của Quỹ hoặc cung cấp các dịch vụ không được quy định tại khoản 1 Điều 34 Nghị định 69/2009/NĐ-CP và Điều 11 Quy chế mẫu về quản lý thì thực hiện nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định hiện hành. Các loại thuế môn bài, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, các loại thuế gián thu khác và các phí, lệ phí khác thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành. (K.Hoa)