Theo quy định tại Điều 3 Thông tư số 176/2009/TT-BTC của Bộ Tài Chính cá nhân làm việc tại khu kinh tế có các khoản thu nhập chịu thuế kê khai số thuế tạm nộp, quyết toán số thuế được giảm như sau:
Cá nhân làm việc tại khu kinh tế có các khoản thu nhập chịu thuế theo hướng dẫn tại Điều 2 Thông tư này được giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp trong năm và quyết toán số thuế được giảm khi hết năm, cụ thể như sau:
1. Kê khai số thuế tạm nộp:
1.1. Đối với cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công, hàng tháng căn cứ vào tổng thu nhập chịu thuế từ tiền lương, tiền công trả cho người lao động làm việc trong khu kinh tế, tổ chức, cá nhân trả thu nhập tính số thuế thu nhập cá nhân phải khấu trừ theo quy định. Căn cứ số thuế phải khấu trừ, tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện nộp 50% số thuế khấu trừ vào ngân sách nhà nước. Số thuế được giảm, tổ chức, cá nhân trả thu nhập trả cho người lao động.
Hàng tháng, khi kê khai số thuế khấu trừ phải nộp Nhân sách, tổ chức, cá nhân trả thu nhập kê khai số thuế thu nhập cá nhân theo Mẫu số 02/KK-TNCN ban hành kèm theo Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài, chính, dòng tổng số thuế thu nhập đã khấu trừ (chỉ tiêu [13]) là tổng số thuế đã khấu trừ thực tế phải nộp Ngân sách (sau khi đã giảm 50% cho cá nhân thuộc đối tượng miễn giảm).
Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công thuộc đối tượng phải trực tiếp khai thuế tháng với cơ quan thuế thì căn cứ vào số thuế khai tạm nộp hàng tháng, cá nhân thực hiện nộp 50% số thuế phải nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định.
Trên tờ khai mẫu số 07/KK-TNCN ban bành kèm theo Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính, dòng tổng số thuế phải nộp trong kỳ (chỉ tiêu [19]) phản ánh số thuế phải nộp sau khi đã giảm 50% theo hướng dẫn tại Thông tư này.
1.2. Đối với cá nhân, nhóm cá nhân có thu nhập từ kinh doanh:
- Hàng quý, cá nhân, nhóm cá nhân kinh doanh nộp thuế theo kê khai thuộc đối tượng được giảm 50% thuế thu nhập cá nhân tự tính số thuế tạm giảm, số thuế còn phải nộp và nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định.
Trên tờ khai mẫu số 08/KK-TNCN (áp dụng đối với cá nhân kinh doanh), tờ khai mẫu số 08A/KK-TNCN (áp dụng đối với nhóm cá nhân kinh doanh) ban hành kèm theo Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính, dòng thuế thu nhập cá nhân tạm nộp trong kỳ, ghi đúng số thuế phải nộp Ngân sách nhà nước (sau khi đã giảm 50%).
- Đối với cá nhân, nhóm cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khoán, căn cứ trên tờ khai mẫu số 10/KK-TNCN (áp dụng đối với cá nhân kinh doanh), mẫu số 10A/KK-TNCN (áp dụng đối với nhóm cá nhân kinh doanh) ban hành kèm theo Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính, cơ quan thuế sẽ ấn định số thuế thu nhập cá nhân phải nộp, số thuế được giảm và thông báo cho cá nhân, nhóm cá nhân kinh doanh biết số thuế còn phải nộp vào Ngân sách nhà nước.
2. Quyết toán số thuế được giảm:
2.1. Đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập:
Từ năm 2009, tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện quyết toán thuế thu nhập cá nhân theo Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính.
Hồ sơ quyết toán gồm các hồ sơ theo quy định đối với từng loại thu nhập tại các Thông tư trên, ngoài ra, tổ chức, cá nhân trả thu nhập phải lập danh sách cá nhân được giảm thuế theo mẫu Phụ lục giảm thuế thu nhập cá nhân dành cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập cho cá nhân làm việc tại khu kinh tế (Mẫu số 01/KKQT-TNCN) ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp tổ chức, cá nhân trả thu nhập đóng ngoài khu kinh tế cử người lao động đến làm việc tại khu kinh tế để thực hiện các hợp đồng kinh tế do tổ chức, cá nhân ký kết với Ban quản lý khu kinh tế hoặc với các tổ chức, cá nhân có hoạt động đầu tư và sản xuất kinh doanh trong khu kinh tế, tổ chức, cá nhân trả thu nhập cần lưu giữ các hợp đồng kinh tế ký kết với Ban quản lý khu kinh tế hoặc với các tổ chức, cá nhân có hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh trong khu kinh tế và các văn bản điều động người lao động đến làm việc trong khu kinh tế và phải xuất trình khi có yêu cầu kiểm tra của cơ quan thuế.
2.2. Đối với cá nhân có thu nhập:
a/ Cá nhân không cư trú thuộc đối tượng được giảm thuế không phải quyết toán thuế.
b/ Cá nhân cư trú thuộc đối tượng được giảm thuế phải quyết toán số thuế được giảm nếu có số thuế phải nộp lớn hơn số thuế đã nộp, có yêu cầu hoàn thuế hoặc bù trừ số thuế nộp thừa vào kỳ sau.
- Cá nhân thuộc đối tượng giảm thu có thu nhập từ tiền lương, tiền công quyết toán với cơ quan thuế trực tiếp quản lý tổ chức, cá nhân trả thu nhập.
Hồ sơ quyết toán thuế thực hiện theo hướng dẫn tại điểm 2.3, mục II phần D Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính. Trong hồ sơ giảm thuế, cá nhân nộp kèm theo Phụ lục giảm thuế thu nhập cá nhân dành cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập cho cá nhân làm việc tại Khu kinh tế hoặc theo mẫu Phụ lục giảm thuế thu nhập cá nhân dành cho cá nhân kê khai trực tiếp với cơ quan thuế đối với thu nhập do làm việc tại khu kinh tế (Mẫu số 02/KKQT-TNCN) ban hành kèm Thông tư này.
- Cá nhân thuộc đối tượng được giảm thuế có thu nhập từ kinh doanh toán trực tiếp với Chi cục Thuế nơi có khu kinh tế.
Trường hợp cá nhân vừa có địa điểm kinh doanh tại khu kinh tế, vừa có địa điểm kinh doanh ngoài khu kinh tế thì quyết toán thuế tại nơi có địa điểm kinh doanh mà cá nhân đăng ký giảm trừ gia cảnh.
Hồ sơ quyết toán thuế ngoài các giấy tờ quy định tại điểm 2.2, mục II phần D Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính, cá nhân phải có thêm bản sao giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh làm căn cứ xác nhận cá nhân có sản xuất kinh doanh tại khu kinh tế và kèm theo Phụ lục giảm thuế thu nhập cá nhân dành cho cá nhân kinh doanh tại khu kinh tế (Mẫu số 03/KKQT-TNCN) ban hành kèm Thông tư này.