Theo quy định tại điều 4 thông tư số 160/2009/TT-BTC ngày 12 tháng 8 năm 2009 của Bộ tài Chính:
- Đối với tổ chức chi trả thu nhập đã khấu trừ thuế đối với các khoản thu nhập được miễn thuế có trách nhiệm trả lại tiền thuế đã khấu trừ cho người có thu nhập.
- Đối với cá nhân đã kê khai nộp số thuế được miễn vào ngân sách được hoàn lại hoặc bù trừ vào kỳ nộp thuế sau.
Đơn vị chi trả thu nhập khi chi trả các khoản thu nhập được miễn thuế sau thời hạn 30/6/2009 (đối với các khoản thu nhập được miễn thuế 6 tháng đầu năm 2009) hoặc sau ngày 31/12/2009(đối với các khoản thu nhập được miễn thuế cả năm 2009) chịu trách nhiệm về tính chính xác khi xác định thu nhập được miễn thuế, lưu giữ và xuất trình các căn cứ xác định thu nhập được miễn thuế khi có yêu cầu kiểm tra của cơ quan thuế.
Trường hợp xác định không đúng, kê khai không đúng sẽ bị xử lý về hành vi gian lận thuế theo quy định của Luật quản lý thuế.
Cá nhân cư trú và cá nhân không cư trú có các khoản thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân không thuộc đối tượng được miễn thuế nêu tại Điều 1 của Thông tư này thực hiện nộp thuế thu nhập cá nhân theo quy định của Luật thuế thu nhập cá nhân.