Theo quy định tại Điều 3 thông tư số 160/2009/TT-BTC ngày 12 tháng 8 năm 2009 của Bộ tài Chính quyết toán thuế thu nhập cá nhân năm 2009 như sau:
1. Đối với đơn vị chi trả thu nhập:
1.1. Khai thuế tháng: đơn vị chi trả thu nhập không phải kê khai các khoản thu nhập thuộc diện được miễn thuế thu nhập cá nhân theo hướng dẫn tại khoản 2, Điều 1 của Thông tư này nếu chi trả các khoản này sau ngày 01/7/2009. Trên tờ khai, chỉ tiêu về thu nhập và số thuế khấu trừ hàng tháng chỉ phản ánh thu nhập cá nhân không được miễn thuế và số thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ.
1.2. Khai quyết toán:
Đơn vị chi trả thu nhập không phải thực hiện kê khai quyết toán thuế đối với các khoản thu nhập được miễn thuế và số thuế được miễn của các đối tượng được miễn thuế theo hướng dẫn tại Điều 1 của Thông tư này, cụ thể:
- Nếu chi trả các khoản thu nhập từ đầu tư vốn, từ chuyển nhượng vốn, từ bản quyền, từ nhượng quyền thương mại; đơn vị chi trả không phải kê khai quyết toán thuế.
- Nếu chi trả thu nhập từ tiền lương, tiền công; đơn vị chi trả thu nhập không phải quyết toán đối với phần thu nhập được miễn thuế trong 6 tháng đầu năm, chỉ phải kê khai quyết toán thu nhập và số thuế đã khấu trừ phát sinh từ ngày 01/7/2009 đến ngày 31/12/2009.
Ví dụ: Công ty X trong năm 2009 đã chi trả tiền lương cho người lao động trong Công ty tổng cộng là 1 tỷ đồng; trong đó 400 triệu đồng là thu nhập thuộc diện được miễn thuế thu nhập cá nhân. Đối với năm 2009, Công ty chỉ phải thực hiện kê khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân tương ứng với phần thu nhập thuộc diện nộp thuế thu nhập cá nhân là 600 triệu đồng.
Việc kê khai các chỉ tiêu số liệu tổng hợp trong tờ khai quyết toán thuế được thực hiện theo nguyên tắc sau: chỉ kê khai theo số tổng hợp tương ứng với khoản thu nhập thuộc diện nộp thuế thu nhập cá nhân của năm 2009.
2. Đối với cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công, từ kinh doanh:
2.1. Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công, từ kinh doanh phải thực hiện quyết toán thuế trong các trường hợp sau:
- Có số thuế phải nộp trong 6 tháng cuối năm 2009 lớn hơn số thuế đã khấu trừ;
- Có yêu cầu được hoàn thuế hoặc bù trừ số thuế nộp thừa vào kỳ sau.
2.2. Các khoản giảm trừ được tính khi quyết toán thuế như sau:
- Đối với giảm trừ các khoản đóng góp bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm trách nhiệm bắt buộc: các khoản bảo hiểm đã đóng một lần cho cả năm thì được giảm trừ bằng 50% tổng số tiền đã đóng; đối với khoản bảo hiểm đóng theo tháng thì giảm trừ theo số thực đóng của 6 tháng cuối năm 2009.
- Đối với giảm trừ gia cảnh: số tiền giảm trừ được tính theo thực tế giảm trừ gia cảnh của 6 tháng cuối năm 2009; cụ thể như sau:
+ Về giảm trừ cho bản thân người có thu nhập: Mức được giảm trừ là 24 triệu đồng (6 tháng x 4 triệu đồng/tháng).
+ Về giảm trừ cho người phụ thuộc: Mức giảm trừ được tính theo số người phụ thuộc, số tháng được tính giảm trừ và mức tiền được trừ cho một người một tháng (1,6 triệu đồng/người/tháng).
- Đối với giảm trừ đóng góp từ thiện, nhân đạo, khuyến học: Mức giảm trừ tính theo số chi thực tế trong 6 tháng cuối năm 2009.
2.3. Cá nhân quyết toán thuế sử dụng các mẫu tờ khai đã ban hành kèm theo Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính.
Khi thực hiện khai quyết toán thuế một số chỉ tiêu được phản ánh như sau:
- Kỳ tính thuế: ghi rõ là từ ngày 01/7/2009 đến 31/12/2009;
- Các chỉ tiêu liên quan đến việc xác định doanh thu (đối với cá nhân kinh doanh), thu nhập, các khoản giảm trừ,... phản ánh các số tổng hợp tương ứng với kỳ tính thuế từ ngày 01/7/2009 đến 31/12/2009.