Tại công văn số 9866/BTC-TCT ngày 13 tháng 7 năm 2009 của Tổng cục Thuế trả lời công văn số 668/CT-TNCN ngày 15/05/2009 của Cục Thuế tỉnh Bình Phước hỏi về việc tính và quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với các khoản chi phí có nguồn gốc phát sinh năm 2008, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:
1. Về việc tính thuế TNCN đối với các khoản chi phí có nguồn gốc phát sinh năm 2008:
Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 27/2009/TT-BTC ngày 6/2/2009 hướng dẫn thực hiện việc giãn thời hạn nộp thuế TNCN và công văn số 1845/BTC-TCT ngày 18/2/2009 hướng dẫn một số nội dung về thuế TNCN, trong đó đã hướng dẫn xử lý cụ thể các khoản thu nhập từ tiền lương, tiền công có nguồn gốc phát sinh từ năm 2008 nhưng được chi trả vào năm 2009 được áp dụng tính và nộp thuế theo Luật thuế TNCN, đồng thời được giãn nộp thuế từ ngày 01/01/2009 đến 31/5/2009.
Căn cứ vào quy định trên đây thì trường hợp Công ty cổ phần cao su Đồng Phú và một số đơn vị khác chi các khoản tiền lương, tiền công của năm 2008 vào năm 2009 thì việc tính thuế TNCN đối với các khoản này được thực hiện theo Luật thuế TNCN và các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thực hiện.
Đối với khoản tiền lương, tiền công của người lao động chi trong 11 tháng của năm 2008 thực hiện kê khai, nộp thuế và quyết toán thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao theo hướng dẫn tại Thông tư số 81/2004/TT-BTC ngày 13/8/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 147/2004/NĐ-CP ngày 23/7/2004 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao và Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/06/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định sô 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật quản lý thuế.
2. Về xử phạt vi phạm hành chính khi quyết toán chậm:
Tại điểm 3.5 mục I phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế quy định: “Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế năm chậm nhất là ngày thứ chín mươi, kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính”.
Căn cứ vào quy định trên đây, trường hợp các đơn vị, tổ chức đã thực hiện kê khai, quyết toán thuế thu nhập của các cá nhân trong đơn vị và nộp hồ sơ quyết toán năm 2008 cho cơ quan thuế đúng thời hạn quy định trên đây nhưng do điều chỉnh các khoản thu nhập phát sinh đầu năm 2009 vào quyết toán năm 2008 nay tính điều chỉnh theo Luật thuế TNCN (áp dụng từ 01/01/2009) nên một số trường hợp nộp lại hồ sơ quyết toán dẫn đến thời gian nộp quyết toán chậm thì không bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi khai quyết toán thuế chậm.