Tại công văn số 3406/TCT-TNCN ngày 20 tháng 8 năm 2009 của Tổng cục Thuế trả lời công văn số 142/07-09/CV-VSS ngày 16/7/2009 của Công ty Trách nhiệm Hữu hạn (TNHH) Dịch vụ Đóng tàu Biển Việt hỏi về việc hoàn thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với những lao động thỏa thuận nhận thu nhập bằng lương NET. Vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:
Theo Thông tư số 27/2009/TT-BTC ngày 6/2/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện việc giãn nộp thuế thu nhập cá nhân và công văn số 1823/BTC-TCT ngày 18/2/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn triển khai thực hiện giãn nộp thuế TNCN thì số thuế được giãn nộp cá nhân có thu nhập được giữ lại trong thời gian được giãn. Trường hợp trước ngày ban hành Thông tư số 27/2009/TT-BTC, đơn vị chi trả thu nhập đã tạm khấu trừ thuế thì đơn vị chi trả phải hoàn trả số tiền tạm khấu trừ cho người có thu nhập.
Về nguyên tắc, thuế TNCN là do cá nhân thực hiện nộp, các đơn vị chi trả thu nhập có nghĩa vụ khấu trừ tiền thuế để nộp vào ngân sách Nhà nước thay cho cá nhân. Trường hợp người lao động ký hợp đồng lao động với đơn vị sử dụng lao động, trong đó người lao động nhận lương không có thuế (lương NET), còn nghĩa vụ thuế do đơn vị sử dụng lao động nộp thuế thay, trong thời gian được giãn nộp thuế thì đơn vị sử dụng lao động được giữ lại tiền thuế đó. Trường hợp người lao động muốn được lấy số tiền thuế TNCN được giãn nộp thì phải đàm phán lại hợp đồng với đơn vị sử dụng lao động để điều chỉnh lại điều khoản về nghĩa vụ thuế trên hợp đồng lao động.