Tại công văn cố 3221/TCT-TNCN ngày 7 thàng 8 năm 2008 về một số khoản phụ cấp được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân (TNCN) và xác định ngày cư trú của cá nhân nước ngoài làm việc tại Việt Nam. Để thống nhất thực hiện, Tổng cục Thuế hướng dẫn như sau:
1. Về việc xác định khoản phụ cấp được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế từ tiền lương tiền công:
Tại Điều 6 Thông tư số 62/2009/TT-BTC ngày 27/3/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn sửa đổi, bổ sung Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật thuế thu nhập cá nhân và hướng dẫn thi hành Nghị định số 100/2008/NĐ-CP ngày 8/9/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế TNCN đã hướng dẫn:
“Bổ sung vào điểm 2.2 các khoản phụ cấp, trợ cấp được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế từ tiền lương, tiền công như sau:
Đối với những lĩnh vực công tác, ngành nghề mà Nhà nước có quy định chế độ phụ cấp, trợ cấp,... thì các khoản phụ cấp, trợ cấp,... này không tính vào thu nhập chịu thuế”.
Căn cứ quy định nêu trên thì ngoài những khoản phụ cấp theo quy định tại điểm 2.2 mục II phần A Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính thì chỉ đối với những lĩnh vực, ngành nghề mang tính chất đặc thù mà cơ quan Nhà nước có thẩm quyền có quy định các khoản phụ cấp, trợ cấp riêng thì những khoản phụ cấp, trợ cấp này không tính vào thu nhập chịu thuế TNCN.
Đối với những khoản phụ cấp chức vụ, phụ cấp trách nhiệm của cán bộ công chức, và các khoản phụ cấp, trợ cấp do doanh nghiệp, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị xã hội quy định như: phụ cấp lãnh đạo, quản lý trong các doanh nghiệp, phụ cấp làm công tác Đảng, đoàn thể, phụ cấp tính theo lương của các đơn vị theo chế độ khoán kinh phí ... không phải là những khoản phụ cấp đặc thù do vậy phải tính vào thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân.
2. Quyết toán thuế TNCN của người nước ngoài vào lần đầu vào làm việc tại Việt Nam từ năm 2008:
Theo hướng dẫn tại điểm 4.2.2.1 mục III Thông tư số 81/2004/TT-BTC ngày 13/8/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 47/2004/NĐ-CP ngày 23/7/2004 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao thì:
“Thời gian cư trú cho năm tính thuế đầu tiên được xác định bằng cách cộng tất cả số ngày có mặt tại Việt Nam trong phạm vi 12 tháng liên tục kể từ ngày đầu tiên đến Việt Nam (ngày đến, ngày đi được tính là 01 ngày)”
Theo đó, nếu tính theo 12 tháng liên tục kể từ ngày đầu tiên cá nhân người nước ngoài vào làm việc tại Việt Nam mà cá nhân đó thuộc đối tượng cư trú tại Việt Nam (có mặt tại Việt Nam từ 183 ngày trở lên) thì khoảng thời gian từ ngày đầu tiên đến Việt Nam trong năm 2008 đến hết ngày 31/12/2008 thực hiện kê khai quyết toán thuế theo diện cá nhân cư trú tại Việt Nam.Về biểu mẫu quyết toán thuế thực hiện theo quy định tại điểm 1.5.2, mục VI phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật quản lý thuế.
Trường hợp trong thời gian ngày đầu tiên cá nhân người nước ngoài đến Việt Nam làm việc đến ngày 31/12/2008 xác định được cá nhân ở Việt Nam dưới 183 ngày thì cá nhân được lựa chọn nộp 25% trên tổng thu nhập phát sinh tại Việt Nam của các tháng trong năm 2008 hoặc kê khai, nộp thuế và quyết toán thuế theo diện cá nhân cư trú theo cách trên.
Kể từ ngày 01/01/2009 thực hiện Luật thuế TNCN, việc xác định điều kiện cá nhân cư trú tại Việt Nam được thực hiện theo quy định của Luật thuế TNCN và các văn bản hướng dẫn thực hiện, kể cả các trường hợp cá nhân đang thuộc đối tượng cư trú theo Pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao trước đây cũng xác định lại điều kiện cư trú theo Luật thuế TNCN kể từ ngày 01/01/2009.