Tại công văn số 112/TCT-TNCN ngày 12 /1/2009 của Tổng cục thuế trả lời công văn số 3118/CT-TTHT ngày 17/12/2008 của Cục thuế tỉnh Kon Tum có nêu vướng mắc về việc đăng ký thuế đối với trường hợp cá nhân có thu nhập ở nơi sinh sống nhưng có số thuế khấu trừ ở địa phương khác thì có được kê khai đăng ký thuế tại địa phương nơi đang sinh sống không, như sau:
Tại điểm 1.2.3 và điểm 3.5 Mục I Phần D Thông tư 84/.2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định 100/2008/NĐ-CP ngày 08/9/2008 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật thuế thu nhập cá nhân và nêu :”...nếu đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì không phải đăng ký mới, mã số thuế đã cấp được tiếp tục sử dụng trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập cá nhân. Cá nhân có nhiều khoản thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân thì chỉ đăng ký thuế một lần. Mã số thuế được sử dụng chung để khai thuế đối với tất các các khoản thu nhập ” Cá nhân có nhiều nguồn thu nhập: từ kinh doanh, từ tiền lương, tiền công, từ các khoản thu nhập chịu thuế khác được lựa chọn nơi nộp hồ sơ đăng ký thuế tại cơ quan, đơn vị trả thu nhập hoặc tại chi cục Thuế nơi kinh doanh”
Căn cứ các quy định trên, cá nhân có thu nhập từ hai nơi trở lên được quyền lựa chọn nơi nộp hồ sơ đăng ký thuế tại cơ quan thuế nơi cá nhân sinh sống hoặc tại đơn vị chi trả chu nhập nơi cá nhân nhận thu nhập.
Cá nhân đã được cấp mã số thuế cần phải cung cấp MST cho cơ quan, đơn vị trả thu nhập để làm cơ sở khấu trừ thuế.