Theo quy định Điều 4 Thông tư số 161/2009/TT-BTC xác định nghĩa vụ thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản phát sinh trước năm 2009 nhưng chưa thực hiện các nghĩa vụ tài chính với Nhà nước:
1. Trường hợp cá nhân có hợp đồng chuyển nhượng bất động sản theo quy định của pháp luật và đã nộp hồ sơ hợp lệ cho cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền trước ngày 01/01/2009 được xử lý như sau:
1.1. Trường hợp cá nhân đã có hợp đồng chuyển nhượng bất động sản theo quy định của pháp luật và đã nộp hồ sơ hợp lệ cho cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền trước ngày 01/01/2009, nếu số thuế phải nộp tính theo Luật thuế chuyển quyền sử dụng đất thấp hơn số thuế phải nộp tính theo Luật Thuế thu nhập cá nhân thì cá nhân chuyển nhượng được nộp thuế theo quy định của Luật thuế chuyển quyền sử dụng đất. Trường hợp, số thuế phải nộp tính theo Luật Thuế chuyển quyền sử dụng đất cao hơn tính theo Luật Thuế thu nhập cá nhân thì được nộp thuế theo quy định của Luật Thuế thu nhập cá nhân. Trường hợp người nộp thuế đã nộp tiền thuế vào Ngân sách Nhà nước trước khi Thông tư này có hiệu lực, mà số thuế đã nộp cao hơn so với số thuế phải nộp, thì được cơ quan thuế xử lý thoái trả tiền thuế theo quy định.
Các trường hợp nộp hồ sơ hợp lệ cho cơ quan Nhà nước có thẩm quyền sau ngày 01/01/2009 áp dụng theo Luật Thuế thu nhập cá nhân.
1.2. Trường hợp cá nhân chuyển nhượng nhà chung cư, đã nộp hồ sơ hợp lệ cho cơ quan Nhà nước có thẩm quyền trước ngày 01/01/2009 thì không thu thuế thu nhập cá nhân đối với phần giá trị nhà; đối với phần giá trị đất (nếu có) thì thực hiện nộp thuế thu nhập cá nhân hoặc thuế chuyển quyền sử dụng đất theo hướng dẫn tại điểm 1.1 nêu trên.
2. Trường hợp cá nhân đã được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất nhưng được ghi nợ nghĩa vụ thuế thì áp dụng theo chính sách thuế có hiệu lực tại thời điểm cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
3. Các trường hợp đang sử dụng đất có một trong các loại giấy tờ quy định tại khoản 1 Điều 50 của Luật Đất đai (phần quy định các loại giấy tờ hợp lệ và coi như là hợp lệ về quyền sử dụng đất) mà trên giấy tờ đó ghi tên người khác kèm theo giấy tờ về việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất có chữ ký của các bên liên quan nhưng chưa thực hiện chuyển nhượng quyền sử dụng đất theo quy định của pháp luật, đã nộp hồ sơ hợp lệ cho cơ quan Nhà nước có thẩm quyền trước ngày 01/01/2009 sẽ nộp thuế như sau:
3.1. Nếu cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền đã cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất trước ngày 01/01/2009 và đã ghi nợ thuế chuyển quyền sử dụng đất thì cá nhân thực hiện nộp thuế chuyển quyền sử dụng đất.
3.2. Nếu nộp hồ sơ cho cơ quan Nhà nước có thẩm quyền trước ngày 01/01/2009 nhưng cơ quan thuế chưa tính và thông báo số thuế thì thực hiện nộp thuế chuyển quyền sử dụng đất hoặc thuế thu nhập cá nhân theo hướng dẫn tại khoản 1 nêu trên.