Theo quy định tại điểm 1, 2 và 3 Điều 3 Thông tư số số 161/2009/TT-BTC, nghĩa vụ khai thuế, nộp thuế đối với một số trường hợp chuyển nhượng bất động sản như sau:
1. Trường hợp cá nhân có quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà nhưng đem thế chấp, bảo lãnh vay vốn hoặc thanh toán tại ngân hàng, tổ chức tín dụng; đến hết thời hạn trả nợ, cá nhân không có khả năng trả nợ thì ngân hàng, tổ chức tín dụng làm thủ tục phát mại, bán bất động sản đó đồng thời thực hiện kê khai nộp thuế thu nhập cá nhân thay cho cá nhân trước khi thực hiện thanh quyết toán các khoản nợ của cá nhân.
Trường hợp cá nhân có quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà nhưng đem thế chấp để vay vốn hoặc thanh toán với tổ chức cá nhân khác, nay thực hiện chuyển nhượng toàn bộ (hoặc một phần) bất động sản đó để thanh toán nợ thì cá nhân có quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà phải kê khai, nộp thuế thu nhập cá nhân hoặc tổ chức, cá nhân làm thủ tục chuyển nhượng thay phải kê khai, nộp thuế thu nhập cá nhân thay cho cá nhân trước khi thanh quyết toán các khoản nợ.
Cá nhân đứng tên trên giấy chứng nhận quyền sử dụng đất được miễn thuế thu nhập cá nhân khi ngân hàng phát mại tài sản là nhà ở, đất ở duy nhất của cá nhân theo quy định tại Điều 4 của Luật Thuế thu nhập cá nhân.
2. Trường hợp bất động sản do cá nhân chuyển nhượng cho tổ chức, cá nhân khác theo quyết định thi hành án của Tòa án thì cá nhân chuyển nhượng phải kê khai, nộp thuế hoặc tổ chức, cá nhân tổ chức bán đấu giá phải kê khai, nộp thuế thu nhập cá nhân thay cho bên chuyển nhượng. Riêng đối với bất động sản của cá nhân bị cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thực hiện tịch thu, bán đấu giá nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật thì không phải kê khai, nộp thuế thu nhập cá nhân.
3. Trường hợp chuyển đổi đất cho nhau giữa các cá nhân (ngoài các trường hợp chuyển đổi đất nông nghiệp để sản xuất thuộc đối tượng được miễn thuế thu nhập cá nhân theo quy định tại khoản 6 Điều 4 của Luật Thuế thu nhập cá nhân) thì từng cá nhân chuyển đổi đất phải kê khai nộp thuế thu nhập cá nhân.