1. Thủ tục khấu trừ thuế nộp tại nước ngoài vào thuế phải nộp tại Việt Nam:
Đối tượng nộp thuế phải nộp hồ sơ đề nghị cơ quan thuế tỉnh, thành phố nơi đối tượng nộp thuế đăng ký nộp thuế đề nghị khấu trừ số thuế đã nộp tại nước ngoài vào thuế phải nộp tại Việt Nam. Hồ sơ xin khấu trừ thuế bao gồm:
- Đơn xin khấu trừ thuế trong đó nêu rõ:
+ Mã số đăng ký nộp thuế tại nước ngoài (nếu có);
+ Loại thu nhập: lợi tức kinh doanh, thu nhập từ dịch vụ, tiền lãi cổ phần, từ tiền cho vay, tiền bản quyền, lợi tức từ chuyển nhượng tài sản, chuyển nhượng cổ phần, thu nhập từ lao động, hay các khoản thu nhập khác;
+ Nguồn thu nhập từ nước nào, thời gian phát sinh;
+ Tổng số thuế thu nhập xin khấu trừ;
+ Niên độ tính thuế.
- Bản gốc chứng từ nộp thuế ở nước ngoài;
- Bản sao tờ khai nộp thuế thu nhập ở nước ngoài;
- Xác nhận của cơ quan thuế nước ngoài về số thuế phải nộp.
2. Thủ tục miễn giảm thuế tại Việt Nam cho tổ chức, cá nhân theo quy định của Hiệp định:
2.1. Đối tượng không cư trú tại Việt nam:
Đối tượng nộp thuế phải nộp hồ sơ đề nghị cơ quan thuế tỉnh, thành phố nơi đối tượng nộp thuế đăng ký nộp thuế xét miễn, giảm thuế theo quy định tại Hiệp định. Đối tượng nộp thuế có thể uỷ quyền cho một đối tượng đại diện hợp pháp thay mặt đối tượng nộp thuế xin miễn, giảm thuế cho đối tượng nộp thuế đó theo quy định tại Hiệp định. Hồ sơ xin miễn, giảm thuế theo Hiệp định bao gồm:
(i) Đơn xin miễn, giảm thuế theo Hiệp định trong đó kê khai đầy đủ những thông tin sau:
* Mã số đăng ký nộp thuế tại nước cư trú;
* Tên và địa chỉ của đối tượng nộp thuế tại nước cư trú;
* Tư cách pháp lý của đối tượng nộp thuế:
+ Pháp nhân;
+ Tổ hợp tác;
+ Cá nhân hành nghề tự do hay cá nhân hành nghề phụ thuộc;
* Nội dung xin miễn, giảm thuế đối với thu nhập nào, theo điều khoản nào của Hiệp định;
* Thời gian có mặt tại Việt Nam hay thực hiện hoạt động tại Việt Nam;
* Văn phòng kể cả văn phòng đại diện của đối tượng là tổ chức nước ngoài tại Việt Nam (nếu có) hoặc địa điểm thường trú tại Việt Nam của đối tượng là cá nhân nước ngoài;
* Địa điểm hoạt động, làm việc tại Việt Nam;
* Người đại diện hoặc nhân viên được uỷ nhiệm thực hiện hợp đồng tại Việt Nam trong trường hợp đối tượng nộp thuế là tổ chức nước ngoài;
* Các dự án, công việc khác thực hiện tại Việt Nam trong thời gian có thu nhập chịu thuế tại Việt Nam (nếu có);
* Tổng số thu nhập chịu thuế, số tiền thuế xin miễn, giảm;
* Trường hợp xin thoái thu thuế: tài khoản chỉ định, đồng tiền thoái thu và hình thức thoái thu;
* Cam đoan của đối tượng xin miễn, giảm thuế về các nội dung kê khai;
* Đối tượng nộp thuế hay người đại diện hoặc người được uỷ quyền của đối tượng nộp thuế xin miễn, giảm thuế ký tên.
(ii) Giấy chứng nhận cư trú của nước cư trú do cơ quan thuế cấp (ghi rõ là đối tượng cư trú trong năm thuế nào);
(iii) Bản sao đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký thuế do nước cư trú cấp trong trường hợp là tổ chức kinh doanh hoặc cá nhân hành nghề độc lập hoặc bản sao hộ chiếu trong trường hợp là cá nhân hành nghề phụ thuộc (người làm công ăn lương theo hợp đồng lao động);
(iv) Bản sao hợp đồng kinh tế, hợp đồng cung cấp dịch vụ, hợp đồng đại lý, hợp đồng uỷ thác, hợp đồng chuyển giao công nghệ hay bản sao hợp đồng lao động ký với tổ chức, cá nhân Việt Nam, giấy chứng nhận tiền gửi tại Việt Nam, giấy chứng nhận góp vốn vào Công ty tại Việt Nam (tuỳ theo loại thu nhập trong từng trường hợp cụ thể) theo các qui định pháp luật hiện hành về bản sao giấy tờ;
Trong trường hợp đối tượng nộp thuế là doanh nghiệp vận tải quốc tế là bản sao hợp đồng vận chuyển hàng hoá, cụ thể là:
* Đối với hồ sơ thuế cước:
- Trường hợp hãng tàu (hoặc đại lý) và khách hàng có lập hợp đồng vận chuyển ổn định bằng văn bản thì có thể sao toàn bộ hợp đồng hoặc trích lục các qui định có liên quan cần thiết để xác định được đối tượng thực tế điều hành hoạt động của tàu biển và các loại chi phí mà khách hàng phải trả để gửi kèm hồ sơ. Bản sao hợp đồng hoặc trích lục hợp đồng phải có xác nhận của người đứng đơn xin miễn giảm thuế cước.
- Trường hợp giữa hãng tàu (hoặc đại lý) và khách hàng không lập hợp đồng vận chuyển bằng văn bản thì cần cung cấp các chứng từ sau:
+ Bản sao công chứng giấy đăng ký tàu hoặc bản sao hợp đồng thuê tàu. Trường hợp không có bản sao công chứng giấy đăng ký tàu thì đại diện có thẩm quyền của người đứng đơn xin miễn giảm phải xác nhận vào bản sao và chịu trách nhiệm về tính chính xác của giấy đăng ký tàu. Đối với các tàu biển trực tiếp vào cảng Việt nam có thể sử dụng bản sao giấy phép khai thác tàu biển định tuyến (trước năm 2002) hoặc bản sao giấy phép tàu vào cảng do cơ quan cấp bản chính những giấy tờ này xác nhận thay cho giấy đăng ký tàu; và
+ Bảng kê tổng hợp doanh thu thuộc diện miễn giảm của từng tàu biển căn cứ thông tin số liệu từ vận đơn và hoá đơn thu tiền (đối với trường hợp cước phí trả trước) hoặc từ vận đơn và men-ni-fet vận tải (Freight manifest) (đối với trường hợp cước phí trả sau).
Các chứng từ vận đơn, hoá đơn thu tiền, ma-ni-fet vận tải không phải gửi kèm hồ sơ đến cơ quan thuế nhưng phải lưu giữ đầy đủ tại đơn vị và xuất trình khi cơ quan thuế yêu cầu kiểm tra.
* Đối với hồ sơ tiền lưu container:
- Bản sao giấy phép tàu vào cảng do cảng vụ xác nhận (để xác định container có liên quan đi kèm với việc vận hành tàu biển của hãng tàu tại Việt nam);
- Bảng kê tổng hợp tiền lưu container căn cứ thông tin số liệu từ vận đơn hàng nhập và hoá đơn thu tiền.
(v) Bản gốc chứng từ nộp thuế hoặc bản sao chứng từ nộp thuế và giấy xác nhận của Kho bạc nhà nước nơi tổ chức, cá nhân nộp tiền thuế về số thuế đã nộp
(vi) Xác nhận của tổ chức, cá nhân Việt Nam ký kết hợp đồng về thời gian hoạt động theo hợp đồng và thực tế hoạt động tại Việt Nam;
vii) Trường hợp đối tượng nộp thuế uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thì bên đứng tên xin miễn, giảm thuế cho đối tượng nộp thuế phải có hợp đồng uỷ quyền hoặc giấy uỷ quyền theo qui định pháp luật hiện hành;
2.2. Đối tượng cư trú tại Việt nam:
Đối tượng nộp thuế phải làm đơn xin cơ quan thuế xin được miễn, giảm thuế theo quy định tại Hiệp định. Hồ sơ xin miễn, giảm thuế theo Hiệp định bao gồm:
(i) Giấy chứng nhận của cơ quan thuế nước ngoài xác nhận trong thời gian trước khi sang Việt Nam học tập, giảng dạy, nghiên cứu, cá nhân đó là đối tượng cư trú của nước đó.
(ii) Xác nhận của tổ chức chi trả thu nhập về tính chất khoản thu nhập là tiền công hay tiền lương hưu do Chính phủ nước ngoài chi trả, tiền phục vụ cho hoạt động học tập và sinh hoạt trong trường hợp của sinh viên, thực tập sinh, thu nhập trả cho hoạt động giảng dạy, nghiên cứu.
3. Thủ tục xác nhận thuế đã nộp tại Việt Nam cho đối tượng cư trú của nước ngoài:
Trường hợp theo qui định của Hiệp định và luật thuế Việt nam, đối tượng cư trú của nước ký kết Hiệp định với Việt nam có thu nhập phát sinh tại Việt nam phải nộp thuế thu nhập tại Việt nam, căn cứ tờ khai nộp thuế, chứng từ nộp thuế và đơn đề nghị của đối tượng cư trú của nước ngoài hoặc đại diện hợp pháp của đối tượng cư trú đó cơ quan thuế tỉnh, thành phố trong vòng 15 ngày kể từ ngày nhận được đề nghị sẽ xem xét và cấp giấy xác nhận số thuế đã nộp ở Việt nam cho đối tượng cư trú của nước ngoài.
4. Thủ tục xác nhận đối tượng cư trú của Việt Nam:
Trường hợp tổ chức, cá nhân yêu cầu xác nhận là đối tượng cư trú của Việt Nam theo quy định tại Hiệp định, cơ quan thuế, tỉnh, thành phố căn cứ vào quy định tại Điều 4 Hiệp định để xét và cấp giấy xác nhận cư trú cho tổ chức cá nhân nêu trên.
5. Thủ tục hợp pháp hoá lãnh sự:
Chữ ký, con dấu trên giấy tờ, tài liệu sau đây của các cơ quan nhà nước của các nước ký Hiệp định với Việt nam phải được hợp pháp hoá lãnh sự, tức là phải có dấu hợp pháp hoá lãnh sự của Cơ quan đại diện ngoại giao Việt nam ở nước ngoài theo qui định tại Thông tư số 01/1999/TT-NG ngày 3 tháng 6 năm 1999 của Bộ Ngoại giao:
(i) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế nước ngoài cấp
(ii) Bản sao đăng ký kinh doanh tại nước cư trú hoặc giấy chứng nhận đăng ký
thuế do nước cư trú cấp.
Các giấy tờ, tài liệu từ các nước sau đây đã ký Hiệp định tương trợ tư pháp với Việt nam không phải hợp pháp hoá lãnh sự:
(i) Cộng hoà Ba lan
(ii) Cộng hoà Séc
(iii) Cộng hoà Hung-ga-ry
(iv) Cộng hoà Bun-ga-ri
(v) Cộng hoà Dân chủ Nhân dân Lào
(vi) Cộng hoà Liên bang Nga
Chữ ký, con dấu trên giấy tờ, tài liệu của Việt nam để sử dụng tại nước ngoài có thể được chứng nhận lãnh sự, tức là có dấu chứng nhận lãnh sự của Cục Lãnh sự Bộ Ngoại giao hoặc Sở Ngoại vụ Thành phố Hồ Chí Minh, nếu có yêu cầu.