Theo quy định của Hiệp định, trường hợp một đối tượng cư trú của Việt Nam thấy rằng việc nộp thuế của mình không phù hợp với những quy định của Hiệp định thì đối tượng đó có thể khiếu nại lên các cơ quan có thẩm quyền để được giải quyết. Trình tự khiếu nại và giải quyết khiếu nại được qui định cụ thể như sau:
+ Đối tượng đó có thể khiếu nại theo trình tự được quy định trong pháp luật Việt Nam cũng như quy định của Luật thuế của Việt Nam về giải quyết khiếu nại.
+ Đối tượng đó có thể khiếu nại trực tiếp lên Tổng Cục thuế (Bộ Tài chính) mà không theo các trình tự giải quyết khiếu nại đã nêu ở trên. Việc khiếu nại này được giải quyết theo thời gian quy định ở Điều khoản "Thủ tục thoả thuận song phương" của các Hiệp định.
+ Tổng cục thuế Việt Nam thay mặt Bộ Tài chính xem xét và giải quyết các khiếu nại. Trong trường hợp cần thiết, Tổng cục Thuế Việt Nam sẽ đàm phán với nhà chức trách có thẩm quyền về Hiệp định của nước ký kết Hiệp định với Việt Nam để giải quyết khiếu nại bằng một thoả thuận song phương.
+ Tổng cục Thuế Việt Nam chịu trách nhiệm phối hợp với các Nhà chức trách có thẩm quyền về Hiệp định của các Nước đã ký Hiệp định với Việt Nam để giải quyết các khiếu nại về thuế của các đối tượng cư trú của những nước đó phù hợp với quy định của Hiệp định.