Tại công văn số 2492/BTC-TCT ngày 6/5/2009 của Bộ tài chính hướng dẫn vướng mắc khi thực hiện các thủ tục áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế hai lần (Hiệp định thuế) đối với thu nhập từ hoạt động kinh doanh chứng khoán.
Cụ thể, theo quy định tại Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 và quy định tại Thông tư số 133/2004/TT-BTC ngày 31/12/2004 của Bộ Tài chính, thủ tục áp dụng Hiệp định thuế bao gồm Bản sao hợp đồng ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam.
Tuy nhiên, theo phản ánh của các công ty kinh doanh chứng khoán, việc yêu cầu người nộp thuế xuất trình Bản sao hợp đồng ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam là khó thực hiện và chưa thuận lợi đối với các giao dịch chứng khoán của các công ty chưa niêm yết hoặc đã niêm yết. Để thống nhất về thủ tục áp dụng Hiệp định thuế đối với thu nhập từ hoạt động kinh doanh chứng khoán, Bộ Tài chính hướng dẫn như sau:
Đối với thu nhập từ lãi tiền cho vay, thủ tục áp dụng Hiệp định thuế được quy định tại điểm 2.3.3, mục X, phần B, Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính; đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn, thủ tục áp dụng Hiệp định thuế được quy định tại điểm 1.1, mục II, Phần D, Thông tư số 133/2004/TT-BTC ngày 31/12/2004 của Bộ Tài chính. Trong trường hợp hoạt động mua bán chứng khoán không có hợp đồng mua bán chứng khoán thì người nộp thuế có thể nộp Giấy chứng nhận tài khoản lưu ký cổ phiếu, trái phiếu do Ngân hàng lưu ký hoặc Công ty chứng khoán xác nhận.