Theo quy định tại Điều 131, Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20 tháng 4 năm 2009 của Bộ tài chính, hời hạn nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế
1. Người nộp thuế nộp hồ sơ hoàn thuế (không thu thuế) của các trường hợp thuộc Điều 116, 119, 120, 121 Thông tư này cho cơ quan hải quan nơi có thẩm quyền hoàn thuế chậm nhất là trong thời hạn bốn mươi lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu đối với trường hợp đề nghị hoàn thuế nhập khẩu hoặc chậm nhất là trong thời hạn bốn mươi lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đối với trường hợp đề nghị hoàn thuế xuất khẩu.
2. Trường hợp thuộc Điều 117, Điều 118 Thông tư này (áp dụng đối với cả các trường hợp có mức thuế suất thuế nhập khẩu, xuất khẩu là 0%)
a) Nếu người nộp thuế thực xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn nộp thuế thì thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế chậm nhất là bốn mươi lăm ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế của tờ khai nhập khẩu đề nghị hoàn thuế, không thu thuế.
b) Nếu người nộp thuế không thực xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn nộp thuế thì:
- Phải kê khai nộp thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (nếu có) kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế. Cơ quan hải quan kiểm tra, thu thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng theo quy định;
Người nộp thuế được hoàn lại số tiền thuế đã nộp theo quy định khi thực tế xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ hàng hoá nhập khẩu đã nộp thuế.
- Thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế chậm nhất là bốn mươi lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu.
c) Trường hợp tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế doanh nghiệp chưa xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng do thời hạn thanh toán ghi trên hợp đồng hoặc phụ kiện hợp đồng xuất khẩu dài hơn bốn mươi lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu hoặc dài hơn bốn mươi lăm ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế, thì thời hạn phải nộp hồ sơ thanh khoản hoàn thuế, không thu thuế vẫn thực hiện theo đúng thời hạn hướng dẫn tại khoản 1, điểm a, b khoản 2 Điều này nhưng doanh nghiệp phải có bản cam kết xuất trình chứng từ thanh toán trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày hết thời hạn thanh toán ghi trên hợp đồng hoặc phụ kiện hợp đồng, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm d khoản 6 Điều 127 Thông tư này.
d) Thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu đã xuất khẩu ra nước ngoài nhưng chưa thực bán cho thương nhân nước ngoài, còn để ở kho của chính doanh nghiệp tại nước ngoài hoặc gửi kho ngoại quan ở nước ngoài hoặc cảng trung chuyển ở nước ngoài thuộc khoản 8 Điều 117 Thông tư này thực hiện theo đúng thời hạn hướng dẫn tại khoản 2 Điều này.
Trường hợp tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế doanh nghiệp chưa có hợp đồng xuất khẩu thì phải có bản cam kết xuất trình hợp đồng xuất khẩu cho khách hàng nước ngoài trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày ký hợp đồng xuất khẩu.
Trường hợp tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế doanh nghiệp chưa có chứng từ thanh toán thì thời hạn nộp chứng từ thanh toán là mười lăm ngày kể từ ngày hết thời hạn thanh toán ghi trên hợp đồng hoặc phụ kiện hợp đồng; doanh nghiệp có bản cam kết xuất trình chứng từ thanh toán theo đúng qui định trên, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm d khoản 6 Điều 127 Thông tư này.
3. Nếu quá thời hạn nêu tại khoản 1 và 2 Điều này mà người nộp thuế chưa nộp hồ sơ thanh khoản thì bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
4. Chi cục Hải quan làm thủ tục thanh khoản thực hiện việc tiếp nhận hồ sơ thanh khoản, xử lý hồ sơ thanh khoản và xử lý vi phạm theo quy định pháp luật (nếu có).