Theo quy định tại Điều 130, Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20 tháng 4 năm 2009 của Bộ tài chính, Xử lý số tiền thuế nộp thừa, tiền phạt sau khi ban hành quyết định hoàn thuế hoặc quyết định xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa do có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền phạt phải nộp
1. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền phạt nộp thừa từ tài khoản tiền gửi, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền phạt nộp thừa phải đối chiếu trên mạng theo dõi nợ thuế và xử lý theo trình tự như sau:
a) Nếu người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định;
Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế, tiền phạt còn thừa mà cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa được thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế.
Khi bù trừ vào số tiền thuế phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan phải ghi rõ trên tờ khai hải quan (bản gốc người khai hải quan lưu và bản gốc lưu tại đơn vị hải quan) được trừ thuế với nội dung "Số tiền thuế được trừ ... đồng, theo Quyết định hoàn thuế/Quyết định xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa số... ngày... tháng... năm ... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của..."; đồng thời ghi số tiền thuế, tiền phạt đã trừ và số, ngày, tháng, năm của tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế/có số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi.
b) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền phạt của các lô hàng cùng loại hình nhập khẩu, cơ quan hải quan thực hiện bù trừ số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa, được hoàn với số tiền thuế nợ hoặc tiền phạt người nộp thuế còn nợ;
c) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền phạt của các lô hàng không cùng lọai hình nhập khẩu phải nộp ngân sách, cơ quan hải quan viết giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước hoặc giấy nộp tiền vào tài khoản để nộp thay người nộp thuế theo đúng số tiền thuế, tiền phạt người nộp thuế còn nợ;
d) Nếu sau khi đã thực hiện bù trừ như nêu trên mà còn thừa, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền phạt được hoàn, nộp thừa làm thủ tục hoàn trả số tiền thuế, tiền phạt còn lại cho người nộp thuế.
Trường hợp người nộp thuế đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế được hoàn hoặc tiền thuế, tiền phạt còn thừa sau khi đã thực hiện thanh toán hết các khoản nợ theo thứ tự thanh toán tiền thuế mà có văn bản đề nghị cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền phạt nộp thừa thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế như hướng dẫn tại điểm a Khoản này.
2. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền phạt nộp thừa từ ngân sách:
a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền phạt và không yêu cầu bù trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần tiếp theo, cơ quan hải quan gửi giấy đề nghị hoàn thuế/xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa kèm theo quyết định hoàn thuế/quyết định xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa cho Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế. Trường hợp cơ quan hải quan đã bù trừ một phần tiền thuế có cùng sắc thuế tại cùng địa bàn thu ngân sách, thì trong giấy đề nghị hoàn thuế/xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa gửi Kho bạc Nhà nước ghi rõ số tiền còn lại của quyết định hoàn thuế đề nghị được hoàn. Căn cứ quyết định hoàn thuế/quyết định xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa do cơ quan hải quan ban hành, Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.
Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:
- Trường hợp khoản thu chưa quyết toán, Kho bạc Nhà nước thực hiện thoái thu theo đúng mục lục Ngân sách Nhà nước.
- Trường hợp khoản thu đã quyết toán, Kho bạc Nhà nước hạch toán chi ngân sách theo số tiền tương ứng và gửi 01 bản chứng từ hoàn trả thuế cho cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế/quyết định xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa để theo dõi, quản lý.
b) Trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế/xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa phải nộp bù trừ cho các khoản thuế khác: sau khi cơ quan hải quan đã bù trừ một phần tiền thuế có cùng sắc thuế tại cùng địa bàn thu ngân sách thì gửi giấy đề nghị hoàn thuế/xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa kèm theo quyết định hoàn thuế/quyết định xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa và lệnh thu ngân sách cho Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế để Kho bạc Nhà nước hạch toán theo quy định.
Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:
- Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế đồng thời là Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hướng dẫn tại điểm a Khoản này. Việc hạch toán thu ngân sách thực hiện theo lệnh thu của cơ quan hải quan, thanh toán số tiền thuế, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
- Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế khác với Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả hạch toán hoàn trả thuế theo hướng dẫn tại điểm a khoản này chuyển số tiền được hoàn trả cùng với lệnh thu ngân sách của cơ quan hải quan cho Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế để hạch toán thu ngân sách Nhà nước theo đúng nội dung ghi trên lệnh thu, thanh toán số tiền thuế, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
c) Việc xử lý số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa hướng dẫn tại Điều này không áp dụng đối với số tiền thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu do người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa cho cơ quan hải quan (cơ quan hải quan không hoàn thuế giá trị gia tăng).
Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu cho cơ quan hải quan, cơ quan hải quan xác nhận số tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa để cơ quan thuế thực hiện hoàn trả người nộp thuế theo quy định. Việc xác nhận thực hiện như sau:
- Người nộp thuế lập và gửi hồ sơ đề nghị xác nhận số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp nhầm, nộp thừa cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan. Hồ sơ bao gồm:
+ Công văn đề nghị xác nhận số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp nhầm, nộp thừa, lý do nộp nhầm, nộp thừa: 01 bản chính;
+ Tờ khai hải quan của số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp nhầm, nộp thừa: xuất trình bản chính, nộp 01 bản sao;
+ Chứng từ nộp thuế: 01 bản chính.
- Cơ quan hải quan đối chiếu giữa bản chính và bản sao của tờ khai hải quan, chứng từ nộp thuế, trả lại bản chính tờ khai cho người nộp thuế và cấp giấy xác nhận số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp nhầm, nộp thừa.
- Trường hợp số tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa do chính cơ quan hải quan phát hiện thì người nộp thuế không phải gửi hồ sơ đề nghị xác nhận. Cơ quan hải quan có trách nhiệm thông báo cho người nộp thuế và cơ quan thuế nơi quản lý người nộp thuế biết và cấp giấy xác nhận theo quy định.