Tại công văn số 2254/BTC-TCT ngày 2/3/2009 của Bộ tài chính hướng dẫn việc sử dụng chứng từ thu học phí hoạt động đào tạo theo phương thức không chính quy trong các trường và cơ sở đào tạo công lập (sau gọi chung là các trường). Về việc này Bộ Tài chính có ý kiến như sau:
1. Căn cứ quy định tại điểm 1 Mục III Thông tư liên tịch số 46/2001/TTLT-BTC-BGD&ĐT ngày 20/6/2001 của Liên Bộ Tài chính - Bộ Giáo dục và Đào tạo; khoản 2 Điều 11, Điều 13 Nghị định 57/2002/NĐ-CP ngày ngày 3/6/2002 của Chính phủ quy định về phí, lệ phí; điểm 4, điểm 6 Mục C Phần III Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí; ý kiến của Bộ Giáo dục và Đào tại tại công văn số 219/BGDĐT-KHTC ngày 12/01/2009:
Hoạt động đào tạo theo phương thức không chính quy trong các trường và cơ sở đào tạo công lập gồm: đào tạo tại chức, đào tạo văn bằng 2 dưới hình thức học tại trường hoặc liên kết với các địa phương, đơn vị; tự học có hướng dẫn, đào tạo từ xa nếu được thực hiện theo chỉ tiêu kế hoạch tuyển sinh do nhà nước giao (cơ quan có thẩm quyền hoặc theo tiêu chí do cơ quan nhà nước có thẩm quyền hướng dẫn); thực hiện thu học phí theo mức thu quy định của nhà nước; học phí đào tạo nằm trong kế hoạch thu chi của nhà trường theo quy định của nhà nước thì khoản thu học phí các loại hình đào tạo nêu trên là khoản phí thuộc nhà nước được quản lý, sử dụng như khoản phí, lệ phí để lại cho tổ chức thu (hoặc khoản phí, lệ phí nhà nước đầu tư cho tổ chức thu) theo quy định và không phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp.
Về chứng từ: Khi thu tiền học phí loại hình đào tạo theo phương thức không chính quy nêu trên, các trường công lập sử dụng Biên lai thu tiền theo mẫu số C38-BB ban hành tại Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006 của Bộ Tài chính về việc ban hành chế độ kế toán hành chính sự nghiệp. Biên lai có thể in sẵn hoặc in từ máy vi tính và không phải đăng ký với cơ quan thuế.
Các trường chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của Biên lai thu tiền do các trường tự in.
2. Đối với các loại hình đào tạo do các trường công lập tự tổ chức, tự tuyển sinh, tự ký hợp đồng đào tạo cho cá nhân, các đơn vị theo hình thức bồi dưỡng ngắn hạn, dài hạn, bồi dưỡng theo chuyên đề; các trường tự quyết định mức thu tiền thì đây là khoản thu đào tạo không thuộc NSNN và thuộc diện chịu thuế theo quy định.
Về chứng từ thu học phí đối với loại hình đào tạo nêu trên: khi thu tiền học, các trường sử dụng biên lai thu tiền tự in và phải đăng ký với cơ quan thuế. Việc đăng ký tự in biên lai thu tiền tương tự như đăng ký tự in hóa đơn theo quy định tại điểm 2 Mục V Phần B Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30/12/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 07/11/2002 của Chính phủ về việc in, phát hành, sử dụng, quản lý hoá đơn.