Tại công văn số 3899/TCT-CS ngày 23 tháng 9 năm 2009 của Tổng cục thuế trả lời công văn số 34/LS-CV ngày 11/5/2009 của Công ty Cổ phần Long Sơn về việc lập hoá đơn đối với hàng hoá uỷ thác xuất khẩu, Tổng cục Thuế hướng dẫn áp dụng các văn bản quy phạm pháp luật như sau:
Tại điểm 2.3 mục IV phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn như sau:
"Cơ sở sản xuất kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế có hàng hoá xuất khẩu (kể cả cơ sở gia công hàng hoá xuất khẩu), thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, khi xuất khẩu hàng hoá sử dụng hoá đơn GTGT.
... Trường hợp uỷ thác xuất khẩu hàng hoá, khi xuất hàng giao cho cơ sở nhận uỷ thác, cơ sở có hàng hoá uỷ thác xuất khẩu sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo Lệnh điều động nội bộ. Khi hàng hoá đã thực xuất khẩu có xác nhận của cơ quan Hải quan căn cứ vào các chứng từ đối chiếu, xác nhận về số lượng, giá trị hàng hoá thực tế xuất khẩu của cơ sở nhận uỷ thác xuất khẩu, cơ sở có hàng hoá uỷ thác xuất khẩu lập hoá đơn GTGT để kê khai nộp thuế, hoàn thuế GTGT. Trường hợp này cơ sở kinh doanh xuất khẩu phải lưu liên 2 tại doanh nghiệp".
Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp công ty cổ phần Long Sơn là đơn vị nhận ủy thác xuất khẩu khi hàng hóa đã thực xuất khấu, đơn vị có hàng hóa đưa ủy thác lập hóa đơn GTGT; trên hóa đơn ghỉ là hàng hóa ủy thác xuất khẩu và ghi bên mua là công ty cổ phần Long Sơn.. Công ty cổ phần Long Sơn lập hóa đơn GTGT đối với hàng hóa đã xuất khẩu ghi bên mua là khách hàng nước ngoài và lưu liên 2 tại công ty.