Trả lời vướng mắc của Cục Hải quan An Giang và Công ty TNHH Thương mại Đỗ Khoa về việc hoàn thuế GTGT do cơ quan Hải quan tạm thu đối với loại hình tạm nhập tái xuất, Tổng cục Hải quan cho biết, hàng hóa thuộc loại hình này thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, do đó sau khi tái xuất hàng hóa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam, DN sẽ được hoàn trả lại số thuế đã nộp theo quy định.
Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan An Giang và Công ty TNHH Thương mại Đỗ Khoa nghiên cứu và thực hiện theo quy định tại Khoản 20 Điều 5 Luật thuế GTGT năm 2008 quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT: “hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm NK, tái XK; hàng tạm XK, tái NK; nguyên liệu NK để sản xuất, gia công hàng hóa XK theo hợp đồng sản xuất, gia công XK kí kết với bên nước ngoài; hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau” thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
Đồng thời, căn cứ Điểm c Khoản 2 Điều 131 Thông tư số 194/2010/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn xử lí số tiền thuế nộp thừa, tiền phạt sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền phạt nộp thừa do có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền phạt phải nộp thì: “... trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa thuế GTGT hàng NK cho cơ quan hải quan trong kì kế toán (bao gồm trong tháng, quý, năm ngân sách) mà người nộp thuế hoặc cơ quan hải quan phát hiện thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu C1-07 ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lí các khoản thu ngân sách Nhà nước qua kho bạc Nhà nước, đồng thời người nộp thuế nộp bản chính giấy nộp tiền, cơ quan hải quan xác nhận, kí tên, đóng dấu đơn vị lên mặt trước bản chính của giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước số tiền thuế GTGT đã điều chỉnh sang khoản thuế khác chuyển kho bạc Nhà nước điều chỉnh. Các trường hợp thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa khác cơ quan hải quan xác nhận số tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa để cơ quan thuế thực hiện hoàn trả người nộp thuế theo quy định”.
Trước đó, Cục Hải quan An Giang và Công ty TNHH Thương mại Đỗ Khoa đã báo cáo Tổng cục Hải quan về vướng mắc hoàn thuế GTGT từ tài khoản tiền gửi của cơ quan Hải quan trong quá trình thực hiện Luật Quản lí thuế sửa đổi, bổ sung. Trong đó, theo Cục Hải quan An Giang, căn cứ theo quy định tại Điểm 2 Mục I công văn số 8356/BTC-TCHQ “hàng hóa kinh doanh tạm nhập- tái xuất bao gồm cả trường hợp gửi kho ngoại quan để tạm nhập- tái xuất phải tạm nộp các loại thuế liên quan (như hàng hóa nhập kinh doanh) vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan mở tại kho bạc, khi tái xuất sẽ được hoàn trả”. Theo đó, đơn vị đã thực hiện thu thuế GTGT (nộp vào tài khoản tạm gửi tại Kho bạc) đối với loại hình tạm nhập- tái xuất. Tuy nhiên các quy định hiện hành chưa quy định về thẩm quyền, hồ sơ, thủ tục để cơ quan hải quan thực hiện hoàn trả số thuế GTGT khi DN thực hiện tái xuất hàng hóa.
Do đó, Cục Hải quan An Giang đã đề xuất về điều kiện, hồ sơ, thủ tục để xử lí hoàn thuế GTGT (từ tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan) đối với loại hình tạm nhập- tái xuất thực hiện như quy định hiện hành về điều kiện, thủ tục, trình tự xét hoàn thuế NK của loại hình này.