Hiện nay, các chi nhánh có hoạt động kinh doanh và kê khai thuế trực tiếp sẽ được cấp mã số thuế 13 số riêng để sử dụng. Tuy nhiên, cần lưu ý rằng, thẩm quyền cấp mã số thuế cho chi nhánh thuộc về Cục Thuế địa phương nơi đặt chi nhánh. Cục Thuế nơi đặt trụ sở chính của doanh nghiệp không có thẩm quyền này.
Công văn số 712/CT-TT&HT ngày 21/01/2011 của Cục thuế tỉnh Bình Dương về việc cấp mã số thuế 13 số cho chi nhánh (DownLoad Luật thuế)