Khi bị mất tờ khai hải quan bản gốc, doanh nghiệp sẽ được phép sử dụng tờ khai hải quan bản sao có xác nhận của cơ quan hải quan để thay thế. Tuy nhiên, trong trường hợp này, doanh nghiệp sẽ bị phạt vì không lưu trữ hồ sơ, chứng từ và phải lập biên bản thông báo với cơ quan hải quan để làm hồ sơ lưu tại doanh nghiệp.
Công văn 5037/TCT-CS ngày 10/12/2010 của Tổng Cục thuế hướng dẫn sử dụng tờ khai trong hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế (Download Luật thuế)