Thông thường, doanh nghiệp phải trả lại cho người lao động số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa được cơ quan thuế hoàn lại. Tuy nhiên, theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, nếu doanh nghiệp trả lương NET cho người lao động, là lương thực tế đã trừ đi thuế và các chi phí khác, thì chỉ phải trả lại tiền thừa trên theo thỏa thuận với người lao động.
Công văn 4388/TCT-TNCN ngày 01/11/2010 của Tổng Cục thuế về hoàn thuế thu nhập cá nhân nộp thừa cho người lao động (Download Luật thuế).