Thông thường, liên 3 của hóa đơn phải lưu tại trụ sở của doanh nghiệp. Vì vậy, theo hướng dẫn của Cục thuế tỉnh Bình Dương, nếu liên 3 bị lưu giữ tại Hải quan, doanh nghiệp phải lập bảng kê hóa đơn và đề nghị xác nhận. Đây sẽ là cơ sở để đối chiếu với liên 1 và giúp doanh nghiệp không bị phạt làm mất hóa đơn.
Công văn số 9812/CT-TT&HT ngày 06/10/2010 của Cục thuế tỉnh Bình Dương về tài liệu chứng minh bị lưu giữ liên 3 hóa đơn (Download Luật thuế).