Thông thường, dự án BOT đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa phát sinh thuế đầu ra được hoàn thuế riêng theo từng năm và được xét hoàn thuế theo quý nếu có số thuế GTGT đầu vào từ 200 triệu đồng trở lên. Tuy nhiên, theo Công văn số 2165 ngày 03/06/2009 của TCT, trường hợp thực hiện đầu tư theo phương thức đổi đất lấy công trình theo dự án đã được UBND cấp tỉnh phê duyệt và đã xác định rõ danh mục cơ sở hạ tầng đổi lấy quyền sử dụng đất tương ứng, doanh nghiệp sẽ phải hạch toán riêng các khoản chi phí đầu tư hạ tầng sẽ đổi lấy đất và số thuế GTGT đầu vào. Khoản thuế này sẽ được tính vào chi phí đầu tư dự án mà không được khấu trừ như trên.
Công văn số 2165/TCT-KK ngày 03/06/2009 của TCT (Download Luật - Tải về).
Thông tin pháp luật được sự hợp tác bởi www.phapluat24h.vn