Theo Thông tư 85/2007/TT-BTC ngày 18/7/2007 của Bộ tài chính hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế về việc đăng ký thuế thì hồ sơ chấm dứt hiệu lực trong các trường hợp được quy định cụ thể như sau:
1. Đối với doanh nghiệp
Hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế gồm:
- Giấy chứng nhận đăng ký thuế (bản gốc).
- Quyết định giải thể doanh nghiệp hoặc Quyết định mở thủ tục giải quyết yêu cầu tuyên bố phá sản doanh nghiệp hoặc Thông báo chấm dứt hoạt động kinh doanh của cá nhân, hộ kinh doanh.
Trong thời hạn 5 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan Thuế phải thực hiện thông báo doanh nghiệp ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
2. Đối với đơn vị có các đơn vị trực thuộc: đơn vị chủ quản bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì tất cả các đơn vị trực thuộc sẽ bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Đơn vị chủ quản có trách nhiệm thông báo việc chấm dứt tồn tại của mình cho các đơn vị trực thuộc biết. Đơn vị trực thuộc có trách nhiệm thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế của mình với cơ quan Thuế quản lý trực tiếp. Hồ sơ gồm:
- Giấy chứng nhận đăng ký thuế (bản gốc)
- Thông báo chấm dứt tồn tại của đơn vị chủ quản.
Sau khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế cho đơn vị chủ quản, cơ quan thuế quản lý đơn vị chủ quản phải thông báo ngay cho Cục thuế các tỉnh có đơn vị trực thuộc đóng trên địa bàn về việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế của đơn vị chủ quản, để các Cục thuế này kiểm tra việc thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế của các đơn vị trực thuộc. Nếu đơn vị trực thuộc chưa chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì cơ quan Thuế yêu cầu các đơn vị trực thuộc phải thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định.
Sau khi doanh nghiệp chủ quản giải thể, phá sản, chấm dứt tồn tại, nếu một số đơn vị trực thuộc vẫn tiếp tục hoạt động thì các đơn vị trực thuộc này phải làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế trực thuộc và thực hiện đăng ký thuế mới với cơ quan Thuế như một đơn vị độc lập. Các trường hợp đơn vị chủ quản đã chấm dứt hiệu lực mã số thuế mà đơn vị trực thuộc vẫn sử dụng mã số thuế 13 số theo mã số thuế của đơn vị chủ quản đều bị coi là sử dụng mã số thuế không hợp pháp.
3. Đối với các doanh nghiệp, tổ chức kinh doanh ngừng kê khai và nộp thuế nhưng không khai báo với cơ quan Thuế: quá thời hạn nộp tờ khai và nộp thuế, sau 3 lần gửi thông báo nhắc nhở người nộp thuế phải kê khai và nộp thuế, nếu không có phản hồi từ phía người nộp thuế thì cơ quan Thuế liên hệ với chính quyền địa phương để nắm bắt thông tin và điều tra tình hình thực tế về sự tồn tại của người nộp thuế. Nếu người nộp thuế không còn kinh doanh nhưng vẫn cư trú trên địa bàn thì yêu cầu đối tượng thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Nếu đối tượng không còn hoạt động kinh doanh tại trụ sở đăng ký kinh doanh và không xác định được tung tích thì cơ quan Thuế phối hợp với chính quyền địa phương lập biên bản xác nhận về tình trạng không tồn tại của người nộp thuế. Cơ quan Thuế thông báo công khai tình trạng không tồn tại của người nộp thuế và cập nhật thông tin vào cơ sở dữ liệu đăng ký thuế của Ngành Thuế.
4. Đối với cá nhân chết, mất tích, hạn chế hoặc mất năng lực hành vi dân sự: cơ quan Thuế có trách nhiệm liên hệ với chính quyền địa phương để nắm thông tin về những cá nhân nộp thuế nhưng không nộp thuế quá 3 tháng. Nếu xác định cá nhân đã chết, mất tích, hạn chế hoặc mất năng lực hành vi dân sự theo quy định của pháp luật, cơ quan Thuế đề nghị chính quyền địa phương xác nhận để làm căn cứ chấm dứt hiệu lực mã số thuế cá nhân đó.