Theo Thông tư 85/2007/TT-BTC ngày 18/7/2007 của Bộ tài chính hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế về việc đăng ký thuế thì trách nhiệm quản lý và sử dụng mã số thuế của người nộp thuế được quy định như sau :
1. Người nộp thuế có trách nhiệm kê khai đăng ký mã số thuế, kê khai bổ sung những thông tin thay đổi về đăng ký thuế, phí, lệ phí theo quy định tại thông tư này. Khi chấm dứt, ngừng hoặc nghỉ hoạt động, người nộp thuế phải khai báo với cơ quan Thuế và chỉ được sử dụng mã số thuế trong các giao dịch để hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
2. Người nộp thuế phải sử dụng mã số thuế để thực hiện các thủ tục kê khai và nộp thuế, phí, lệ phí với cơ quan Thuế và thực hiện thủ tục kê khai, nộp thuế với cơ quan Hải quan. Người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu phải xuất trình "Giấy chứng nhận đăng ký thuế" khi làm các thủ tục khai báo xuất nhập khẩu với cơ quan Hải quan.
3. Người nộp thuế phải ghi mã số thuế trên các giấy tờ giao dịch như: hoá đơn, chứng từ mua, bán hàng hoá, dịch vụ, sổ sách kế toán, hợp đồng kinh tế và các giấy tờ, tài liệu có liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế. Người nộp thuế phải sử dụng mã số thuế khi mở tài khoản tiền gửi tại ngân hàng hoặc tổ chức tín dụng khác. Đối với các loại giấy tờ, sổ sách, chứng từ chưa có phần để ghi mã số thuế thì người nộp thuế phải ghi rõ mã số thuế của mình vào góc trên, bên phải trang đầu của các loại giấy tờ, sổ sách, chứng từ đó. Các đơn vị sử dụng hoá đơn tự in phải in sẵn mã số thuế của mình trên từng tờ hoá đơn.
4. Người nộp thuế có trách nhiệm khai báo các thông tin thay đổi của mình cho cơ quan thuế cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế theo đúng quy định. Người nộp thuế có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ thuế với cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan (nếu có hoạt động xuất, nhập khẩu) trước khi chấm dứt hoạt động, ngừng hoạt động hoặc tổ chức, sắp xếp lại doanh nghiệp.
5. Quá thời hạn cấp mã số thuế mà không nhận được Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế, người nộp thuế có quyền khiếu nại đến Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, nơi cấp mã số thuế. Sau thời hạn 15 ngày kể từ ngày nộp đơn khiếu nại mà không nhận được trả lời của Cục thuế thì người nộp thuế có quyền khiếu nại lên Tổng cục Thuế để giải quyết.
6. Nghiêm cấm việc cho mượn, tẩy xoá, huỷ hoại hoặc làm giả Giấy chứng nhận Đăng ký thuế.